Publications

• 2024

  BEZDÍČEK, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; KOCMANOVÁ, I.; LENGEROVÁ, M. Genomic characterisation of ST23 K1 Serotype ESBL Klebsiella pneumoniae ST23 strains in University Hospital Brno, Czech Republic. ESCMID Global 2024, Barcelona, Spain. 2024.
  Detail

  NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; VÍTKOVÁ, H. Design of a plasmid classification workflow for local bacterial population analysis. ESCMID Global 2024, Barcelona, Spain. 2024.
  Detail

  VÍTKOVÁ, H.; NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M. Unveiling Diversity: Classification of Klebsiella Pneumoniae Plasmids from Long-read Assemblies. In Lecture Notes in Bioinformatics. Lecture Notes in Computer Science. 14849. Springer Nature, 2024. p. 314-328. ISBN: 978-3-031-64636-2. ISSN: 1611-3349.
  Detail | WWW

  JUREČKOVÁ, K.; NYKRÝNOVÁ, M.; SLANINOVÁ, E.; FLEURIOT-BLITMAN, H.; AMSTUTZ, V.; HEŘMÁNKOVÁ, K.; BEZDÍČEK, M.; MRÁZOVÁ, K.; HRUBANOVÁ, K.; ZINN, M.; OBRUČA, S.; SEDLÁŘ, K. Cultivation driven transcriptomic changes in the wild-type and mutant strains of Rhodospirillum rubrum. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2024, vol. 23, no. December 2024, p. 2681-2694. ISSN: 2001-0370.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; VÍTKOVÁ, H. Exploring DNA Methylation Patterns in the Core Genome of Klebsiella pneumoniae. In Lecture Notes in Bioinformatics. Lecture Notes in Computer Science. 14849. Springer Nature, 2024. p. 140-152. ISBN: 978-3-031-64636-2. ISSN: 1611-3349.
  Detail | WWW

  SURIAK, M.; NYKRÝNOVÁ, M. NANOBLAST: Python Tool for Raw Nanopore Signal Processing. Proceedings I of the 30th Conference STUDENT EEICT 2024. 1. Brno, Czech Republic: Brno University of Technology, Faculty of Electrical Engineering and Communication, 2024. p. 24-27. ISBN: 978-80-214-6231-1.
  Detail | WWW

• 2023

  NYKRÝNOVÁ, M.; JUREČKOVÁ, K.; MUSILOVÁ, J.; SLANINOVÁ, E.; OBRUČA, S.; HANSLIKOVA, J.; FLEURIOT-BLITMAN, H.; ZINN, M.; SEDLÁŘ, K. Genomic and phenotypic analysis of Rhodospirillum rubrum – wild type and mutant strain. 10th International Chemical-Technological Conference (ICCT), Mikulov, Czechia. 2023.
  Detail

  SCHWARZEROVÁ, J.; ZEMAN, M.; BABÁK, V.; JUREČKOVÁ, K.; NYKRÝNOVÁ, M.; VARGA, M.; WECKWERTH, W.; DOLEJSKÁ, M.; PROVAZNÍK, V.; RYCHLÍK, I.; ČEJKOVÁ, D. Detecting horizontal gene transfer among microbiota: an innovative pipeline for identifying co-shared genes within the mobilome through advanced comparative analysis. Microbiology spectrum, 2023, vol. 12, no. 1, ISSN: 2165-0497.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; DUFKOVÁ, K.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Hybrid mapping for plasmid content determination in NGS data. 33rd European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases 2023, Copenhagen, Denmark. 2023.
  Detail

  DUFKOVÁ, K.; BEZDÍČEK, M.; HANSLIKOVA, J.; NYKRÝNOVÁ, M.; KUBÁČKOVÁ, P.; KOCMANOVÁ, I.; LENGEROVÁ, M. The indication of possible K1/K2 serotypes of Klebsiella pneumoniae using mini-MLST. 33rd European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases 2023, Copenhagen, Denmark. 2023.
  Detail

  BEZDÍČEK, M.; HANSLIKOVA, J.; NYKRÝNOVÁ, M.; DUFKOVÁ, K.; KOCMANOVÁ, I.; KUBÁČKOVÁ, P.; MAYER, J.; LENGEROVÁ, M. New Multilocus Sequence Typing Scheme for Enterococcus faecium Based on Whole Genome Sequencing Data. Microbiology spectrum, 2023, vol. 11, no. 4, p. 1-9. ISSN: 2165-0497.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  NYKRÝNOVÁ, M.; JUREČKOVÁ, K.; MUSILOVÁ, J.; SLANINOVÁ, E.; OBRUČA, S.; FLEURIOT-BLITMAN, H.; ZINN, M.; SEDLÁŘ, K. Transcriptome Analysis of Rhodospirillum rubrum - Wild Type and Mutant Strains. 11th European Symposium on Biopolymer (ESBP). 2023.
  Detail

  FLEURIOT-BLITMAN, H.; AMSTUTZ, V.; NYKRÝNOVÁ, M.; SLANINOVÁ, E.; SEDLÁŘ, K.; SEDLÁČEK, P.; OBRUČA, S.; HATZIMANIKATIS, V.; ZINN, M. Investigating the Relationship Between Respiratory Chain Activity and the Electron Sink Mechanism of Poly(3-hydroxybutyrate) (PHB) Accumulation in Rhodospirillum rubrum. 11th European Symposium on Biopolymer (ESBP). 2023.
  Detail

  BEZDÍČEK, M.; HANSLIKOVA, J.; NYKRÝNOVÁ, M.; DUFKOVÁ, K.; KOCMANOVÁ, I.; LENGEROVÁ, M. New Enterococcus faecium multilocus sequence typing scheme based on whole genome sequencing data. 33rd European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases 2023, Copenhagen, Denmark. 2023.
  Detail

  DUFKOVÁ, K.; BEZDÍČEK, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; KOCMANOVÁ, I.; KUBÁČKOVÁ, P.; HANSLIKOVA, J.; FEJKOVÁ, K.; MAYER, J.; LENGEROVÁ, M. Rapid Identification of Pseudomonas aeruginosa International High-Risk Clones Based on High-Resolution Melting Analysis. Microbiology spectrum, 2023, vol. 11, no. 1, p. 1-9. ISSN: 2165-0497.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Bacterial phenotype prediction based on methylation site profiles. In 2023 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB). IEEE, 2023. p. 1-6. ISBN: 979-8-3503-1017-7.
  Detail | WWW

• 2022

  FLEURIOT-BLITMAN, H.; AMSTUTZ, V.; NYKRÝNOVÁ, M.; SLANINOVÁ, E.; SEDLÁŘ, K.; SEDLÁČEK, P.; OBRUČA, S.; HATZIMANIKATIS, V.; ZINN, M. Increased CO2 gas-liquid mass transfer interferes with Rhodospirillum rubrum’s physiology and production of poly-3-hydroxybutyrate. 18th International Symposium on Biopolymers (ISBP). 2022.
  Detail

  NYKRÝNOVÁ, M.; JUREČKOVÁ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; SLANINOVÁ, E.; OBRUČA, S.; FLEURIOT-BLITMAN, H.; ZINN, M.; SEDLÁŘ, K. Gene expression profiling in Rhodospirillum rubrum. 18th International Symposium on Biopolymers (ISBP). 2022.
  Detail

  DUFKOVÁ, K.; BEZDÍČEK, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; KUBÁČKOVÁ, P.; KOCMANOVÁ, I.; VÍTKOVÁ, I.; ZDRAŽILOVÁ DUBSKÁ, L.; LENGEROVÁ, M. Pseudomonas aeruginosa molecular typing: introduction of novel HRM-based approach. 32nd European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases 2022, Lisbon, Portugal. 2022.
  Detail

  BEZDÍČEK, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; DUFKOVÁ, K.; KOCMANOVÁ, I.; LENGEROVÁ, M. Molecular epidemiology using local population specific references: is it worth the effort?. 32nd European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases 2022, Lisbon, Portugal. 2022.
  Detail

  NYKRÝNOVÁ, M.; JAKUBÍČEK, R.; BEZDÍČEK, M.; DUFKOVÁ, K.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Real-time MLST genes detection in nanopore squiggles. 32nd European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases 2022, Lisbon, Portugal. 2022.
  Detail

  NYKRÝNOVÁ, M.; JAKUBÍČEK, R.; BARTOŇ, V.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Using deep learning for gene detection and classification in raw nanopore signals. Frontiers in Microbiology, 2022, vol. 13, no. 1, p. 1-11. ISSN: 1664-302X.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  BEZDÍČEK, M.; DUFKOVÁ, K.; NYKRÝNOVÁ, M.; HANSLIKOVA, J.; LENGEROVÁ, M. Metody sekvenování druhé a třetí generace a jejich praktické využití pro typizaci bakterií. Klinicka Mikrobiologie a Infekcni Lekarstvi, 2022, vol. 28, no. 4, p. 106-115. ISSN: 1211-264X.
  Detail | WWW

  NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Identification of highly variable sequence fragments in unmapped reads for rapid bacterial genotyping. BMC GENOMICS, 2022, vol. 23, no. SUPPL 3, p. 1-12. ISSN: 1471-2164.
  Detail | WWW

  DUFKOVÁ, K.; BEZDÍČEK, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; KOCMANOVÁ, I.; VÍTKOVÁ, I.; ZDRAŽILOVÁ DUBSKÁ, L.; MAYER, J.; LENGEROVÁ, M. Rychlá molekulární typizace Pseudomonas aeruginosa pro účely nemocniční epidemiologie. Kongres Klinické Mikrobiologie, Infekčních Nemocí a Epidemiologie 2022. Česká republika, Praha, 2022. 2022.
  Detail

  ČEJKOVÁ, D.; STREĎANSKÁ, K.; JUREČKOVÁ, K.; NYKRÝNOVÁ, M.; SCHWARZEROVÁ, J.; DOLEJSKÁ, M. Horizontal gene transfer network in chicken gut microbiome. 14th Host Pathogen Interaction Forum 2022. Hradec Kralove: 2022. ISBN: 978-80-906723-2-1.
  Detail

  JUREČKOVÁ, K.; NYKRÝNOVÁ, M.; SLANINOVÁ, E.; BEZDÍČEK, M.; OBRUČA, S.; ŠKUTKOVÁ, H.; SEDLÁŘ, K. Genomic and functional analysis of polyhydroxyalkanoates producer Rhodospirillum rubrum DSM 467. In Proceedings of the 9th International Conference on Chemical Technology. Prague: Czech Society of Industrial Chemistry, 2022. p. 367-372. ISBN: 978-80-88307-11-2.
  Detail | WWW

  SEDLÁŘ, K.; MUSILOVÁ, J.; ŠKUTKOVÁ, H.; NYKRÝNOVÁ, M.; JUREČKOVÁ, K.; PERNICOVÁ, I.; SLANINOVÁ, E.; FLEURIOT-BLITMAN, H.; ZINN, M.; OBRUČA, S. Improving structural annotation of Rhodospirillum rubrum DSM 467 with RNA-Seq. 18th International Symposium on Biopolymers (ISBP). 2022.
  Detail

  DUFKOVÁ, K.; BEZDÍČEK, M.; ČUPROVÁ, K.; PANTŮČKOVÁ, D.; NYKRÝNOVÁ, M.; BRHELOVÁ, E.; KOCMANOVÁ, I.; HODOVÁ, S.; HANSLIANOVA, M.; JUREN, T.; LIPOVÝ, B.; MAYER, J.; LENGEROVÁ, M. Sequencing Independent Molecular Typing of Staphylococcus aureus Isolates: Approach for Infection Control and Clonal Characterization. Microbiology spectrum, 2022, vol. 10, no. 1, p. 1-10. ISSN: 2165-0497.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  BEZDÍČEK, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; DUFKOVÁ, K.; HANSLIKOVA, J.; KOCMANOVÁ, I.; LENGEROVÁ, M. Nové MLST schéma pro Enterococcus faecium vycházející z dat získaných celogenomovým sekvenováním. 29. kongres Československé společnosti mikrobiologické. Česká republika, Brno. 2022. 2022.
  Detail

• 2021

  NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; SEDLÁŘ, K.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Word entropy-based approach to detect highly variable genetic markers for bacterial genotyping. Frontiers in Microbiology, 2021, vol. 12, no. 1, p. 1-8. ISSN: 1664-302X.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  BEZDÍČEK, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; SEDLÁŘ, K.; KRÁLOVÁ, S.; HANSLIKOVA, J.; KOMPRDOVÁ, A.; ŠKUTKOVÁ, H.; KOCMANOVÁ, I.; MAYER, J.; LENGEROVÁ, M. Rapid high-resolution melting genotyping scheme for Escherichia coli based on MLST derived single nucleotide polymorphisms. Scientific Reports, 2021, vol. 11, no. 1, p. 1-11. ISSN: 2045-2322.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  KRÁLOVÁ, S.; BUSSE, H.; BEZDÍČEK, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; KROUPOVÁ, E.; KRSEK, D.; SEDLÁČEK, I. Flavobacterium flabelliforme sp. nov. and Flavobacterium geliluteum sp. Nov., Two novel multidrug resistant psychrophilic species isolated from Antarctica. World Microbe Forum ASM Microbe. 2021.
  Detail

  DUFKOVÁ, K.; BEZDÍČEK, M.; STRNADOVÁ, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; LENGEROVÁ, M. Sequencing independent approach for characterisation of Staphylococcus aureus population structure. ECCMID 2021. Vienna, Austria: 2021.
  Detail

  NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; STRNADOVÁ, M.; DUFKOVÁ, K.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Bacterial typing via raw nanopore signals. ECCMID 2021. Vienna, Austria: 2021.
  Detail

  BEZDÍČEK, M.; DUFKOVÁ, K.; NYKRÝNOVÁ, M.; KOCMANOVÁ, I.; VÍTKOVÁ, I.; KABUT, T.; MAYER, J.; LENGEROVÁ, M. Současné možnosti molekulární typizace bakterií způsobujících infekce spojené se zdravotnickou péčí a jejich využití v klinické praxi. XXVII. Moravsko-slovenské mikrobiologické dny. 2021.
  Detail

  SEDLÁŘ, K.; NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; BRANSKÁ, B.; LENGEROVÁ, M.; PATÁKOVÁ, P.; ŠKUTKOVÁ, H. Diversity and Evolution of Clostridium beijerinckii and Complete Genome of the Type Strain DSM 791T. Processes, 2021, vol. 9, no. 7, p. 1-16. ISSN: 2227-9717.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  BARTOŇ, V.; NYKRÝNOVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. MANASIG: Python Package to MAnipulateNAnopore SIGnals from sequencing files. In 2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). 2021. p. 1941-1947. ISBN: 978-1-6654-0126-5.
  Detail

  JUGAS, R.; SEDLÁŘ, K.; VÍTEK, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. CNproScan: Hybrid CNV detection for bacterial genomes. GENOMICS, 2021, vol. 113, no. 5, p. 3103-3111. ISSN: 0888-7543.
  Detail | WWW

  KRÁLOVÁ, S.; BUSSE, H.; BEZDÍČEK, M.; SANDOVAL-POWERS, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; STAŇKOVÁ, E.; KRSEK, D.; SEDLÁČEK, I. Flavobacterium flabelliforme sp. nov. and Flavobacterium geliluteum sp. nov., two multidrug-resistant psychrotrophic species isolated from Antarctica. Frontiers in Microbiology, 2021, vol. 12, no. 10, p. 1-20. ISSN: 1664-302X.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; VÍTEK, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Raw nanopore squiggle alignment for bacterial typing distinction enhancement. In 2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). 2021. p. 1969-1974. ISBN: 978-1-6654-0126-5.
  Detail

• 2020

  BEZDÍČEK, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; DUFKOVÁ, K.; PLEVOVÁ, K.; KOCMANOVÁ, I.; LENGEROVÁ, M. Epidemiology typing and molecular analysis of vancomycin-resistant Enterococcus faecium in haematooncological patients. ECCMID 2020. 2020.
  Detail

  BARTOŇ, V.; NYKRÝNOVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Watershed Segmentation for Peak Picking in Mass Spectrometry Data. In Bioinformatics and Biomedical Engineering. Lecture Notes in Computer Science. 2020. p. 494-502. ISBN: 978-3-030-45384-8. ISSN: 0302-9743.
  Detail

  NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Detection of Highly Variable Genome Fragments in Unmapped Reads of Escherichia coli Genomes. In Bioinformatics and Biomedical Engineering. Lecture Notes in Computer Science. 2020. p. 569-578. ISBN: 978-3-030-45384-8. ISSN: 0302-9743.
  Detail

• 2019

  BEZDÍČEK, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; PLEVOVÁ, K.; BRHELOVÁ, E.; KOCMANOVÁ, I.; SEDLÁŘ, K.; RÁČIL, Z.; MAYER, J.; LENGEROVÁ, M. Application of mini-MLST and whole genome sequencing in low diversity hospital extended-spectrum beta-lactamase producing Klebsiella pneumoniae population. PLOS ONE, 2019, vol. 14, no. 8, p. 1-14. ISSN: 1932-6203.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  NYKRÝNOVÁ, M.; MADĚRÁNKOVÁ, D.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Bioinformatic Tools for Genotyping of Klebsiella pneumoniae Isolates. In Information Technology in Biomedicine. 2019. p. 419-428. ISBN: 978-3-319-91210-3.
  Detail | WWW

  BEZDÍČEK, M.; PLEVOVÁ, K.,: NYKRÝNOVÁ, M.; KOCMANOVÁ, I.: LENGEROVÁ, M. Postavení celogenomového sekvenování v epidemiologii infekcí spojených s nemocniční péčí – zkušenosti z FN Brno. Kongres Klinické Mikrobiologie, Infekčních Nemocí a Epidemiologie (KMINE). Olomouc: 2019.
  Detail

  NYKRÝNOVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Method for improving the consensus sequence from NGS data based on reads classification. In Proceedings of IEEE Student Branch Conference Mikulov 2019. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2019. p. 6-9. ISBN: 978-80-214-5781-2.
  Detail | WWW

  BARTOŇ, V.; NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Clustering of Klebsiella Strains Based on Variability in Sequencing Data. In Bioinformatics and Biomedical Engineering. IWBBIO 2019. Lecture Notes in Computer Science. 2019. p. 189-199. ISBN: 978-3-030-17934-2. ISSN: 0302-9743.
  Detail

  BEZDÍČEK, M.; NYKRÝNOVÁ, M.; KOCMANOVÁ, I.; LENGEROVÁ, M. WGS analysis of colonising and infecting EBSL Klebsiella pneumoniae paired samples to set the SNV cut-off value for determining bacterial clonality. ECCMID 2019. Amsterdam, The Netherlands: 2019.
  Detail

  NYKRÝNOVÁ, M.; MADĚRÁNKOVÁ, D.; BARTOŇ, V.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Entropy-Based Detection of Genetic Markers for Bacteria Genotyping. In Bioinformatics and Biomedical Engineering. IWBBIO 2019. Lecture Notes in Computer Science. 2019. p. 177-188. ISBN: 978-3-030-17934-2. ISSN: 0302-9743.
  Detail

• 2018

  BEZDÍČEK, M.; PANTŮČKOVÁ, D.; PLEVOVÁ, K.; KOCMANOVÁ, I.; HANSLIANOVÁ, M.; RÁČIL, Z.; NYKRÝNOVÁ, M.; LENGEROVÁ, M. Využití NGS a mini-MLST pro sledování nemocniční epidemiologie a řešení outbreaků infekcí spojených s nemocniční péčí. 28. Pečenkovy epidemiologické dny. České Budějovice: 2018.
  Detail

  NYKRÝNOVÁ, M.; MADĚRÁNKOVÁ, D. GENOTYPING OF KLEBSIELLA PNEUMONIAE ISOLATES. In Proceedings of the 24th Conference STUDENT EEICT 2018. 2018. ISBN: 978-80-214-5614-3.
  Detail

*) Publications are generated once a 24 hours.