Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR - Výzkumná centra (Národní program výzkumu)

- whole funder (2005-01-01 - 2009-12-31)

1M0572

Czech

Jiřík Radovan, doc. Ing., Ph.D. - fellow researcher
Kolář Radim, doc. Ing., Ph.D. - fellow researcher
Jan Jiří, prof. Ing., CSc. - principal person responsible

Department of Biomedical Engineering
- beneficiary (2006-01-14 - not assigned)

Filipík Adam, Jan Jiří. Reconstructing Attenuation Images in Ultrasonic Computed Tomography. In Radioelektronika 2005 - 15th Int. Cz.-Sl. Sci. Conference. Brno: VUT Brno, 2005. p. 171 ( p.)ISBN: 80-214-2904-6.
Detail

KUBEČKA, L., JAN, J. Retinal Image Fusion and Registration. In Proceedings of the 3rd EMBE Conference EMBEC'05. IFMBE Proceedings. Prag: EAMBS, 2005. p. 1760 ( p.)ISBN: 17271983. ISSN: 1727-1983.
Detail

NIEMANN, H., CHRASTEK, R., HOTHORN, T., LAUSEN, B., KUBECKA, L., JAN, J., MICHELSON, G. Optic Nerve Head Segmentation in Multimodal Retinal Images. In Proceed. of the 7th International Conference on Pattern Recognition and Image Analysis: New Information Technologies Conferrence (PRIA-7-2004). St. Petersburg: MAIK Nauka Interperiodica Publishing Moscow, 2005. p. 101 ( p.)
Detail

Jiri Jan, Radim Chrastek, Libor Kubecka,Victor Derhartunian, Heinrich Niemann, Georg Michelson. Automated Optic Disc Segmentation in Multimodal Images of Retina. In CD Proceedings of the DOG/SOE congress. Basic Sciences and Clinical Application. Berlin: DOG/SOE, 2005. p. 1000 ( p.)
Detail

JIŘÍK, R.; STOTZKA, R.; TAXT, T. Ultrasonic Attenuation Tomography Based on Log-Spectrum Analysis. In Medical Imaging 2005, Ultrasonic Imaging and Signal Processing. Vol. 6. USA: SPIE, 2005. p. 305-314. ISBN: 0-8194-5724-8.
Detail

NIEMANN, H., CHRASTEK, R., HOTHORN, T., LAUSEN, B., KUBECKA, L., JAN, J., MICHELSON, G. Towards automated diagnostic evaluation of retina images. In Proceed. of the 7th International Conference on Pattern Recognition and Image Analysis: New Information Technologies Conferrence (PRIA-7-2004). St. Petersburg: MAIK Nauka Interperiodica Publishing, Moscow, 2005. p. 101 ( p.)
Detail

Kolář, R. Jan, J. Chrástek, R. Laemmer, R. Mardin, Ch.Y. AUTOFLUORESCENCE AREAS DETECTION IN HRA IMAGES. In IFMBE Proceedings. Praha: IFMBE, 2005. p. 2384-2388.
Detail

Kolář, R. Kubečka, L. Jan, J. Barevná stereoskopie očního pozadí za využití digitální fotografie a konfokálního laserového oftalmoskopu. In DIGITÁLNÍ ZOBRAZOVÁNÍ V BIOLOGII A MEDICÍNĚ 2005, elektronický sborník. České Budějovice: 2005. s. 1 ( s.)
Detail

Jiří Jan. A Transparent Way from RF Signals to Images in Magnetic Resonance Imaging. In EC-SIP-M 2005 (5th EURASIP Conference on Speech and Image Processing and Multimedia. EURASIP conferences. Bratislava, SR: Slovak University of Technology, 2005. p. II-1 ( p.)ISBN: 80-227-2257-X.
Detail

Jiří Jan. From the Model of Magnetic - Resonance Signal to Applications. In DSP-MCOM 2005 (6th Internat. Conf. on Digital Signal Processing and Multimedia Communications. Košice SR: University of Technology Košice, 2005. p. 7 ( p.)ISBN: 80-8073-323-6.
Detail

Kubecka L., Jan J., Kolar R., Jirik R. Non-Rigid Registration of Time Series of Auto-Fluorescent HRA 2D Images. In Abstracts of Contributions to International Workshop on Data - Algorithms - Decision Making. 41. Praha: UTIA, Czech Academy of Sciencies, 2005. p. 3 ( p.)
Detail

Začal J, Jan J, Jiřík J, Kolář J, Kubečka L, Peterlík I. Deploying a Campus Grid: Experience With The Condor Distributed Batch System. In International Workshop on Data - Algorithms - Decision Making. Praha: UTIA - Academy of Science of Czech Republic, 2005. p. 1 ( p.)
Detail

Radovan Jiřík, Igor Peterlík, Jiří Jan, Nicole Ruiter, Rainer Stotzka, Radim Kolář, Libor Kubečka, Jiří Začal. Model of Radiofrequency Data Acquisition in Ultrasound Transmission Tomography. In Abstracts of Contributions to International Workshop on Data - Algorithms - Decision Making. Praha: DAR UTIA AV ČR, 2005. p. 1 ( p.)
Detail

KOLÁŘ, R.,KUBEČKA, L., JAN, J. CHRÁSTEK, R. DISPARITY ESTIMATION IN UNCALIBRATED STEREO RETINAL IMAGES. In IFMBE Proceedings. Praha: IFMBE, 2005. p. 555-559.
Detail

Ing. Libor Kubečka, Jiří Jan. Fusion of multispectral retinal images. In STUDENT EEICT 2005. 12. Brno: FEKT VUT BRNO, 2005. p. 622 ( p.)ISBN: 80-214-2890-2.
Detail

Adam FILIPÍK. Attenuation Imaging in Ultrasonic Computed Tomography. In Poster 2005. Praha: 2005. p. 222 ( p.)
Detail

Adam Filipík. Ultrasonic Attenuation In Computed Tomography. In STUDENT EEICT 2005. Brno: VUT, 2005. p. 222 ( p.)
Detail

Zacal J, Hemzal D, Jan J, Filipik A, Jirik R, Kolar R. Comparison of Wave-Equation Versus Measurement-Processing Transducer Calibration for Ultrasonic Transmission Tomography. In Proceedings of 28th Annual International Conference IEEE EMBS. New York (USA): 2006. p. 2754 ( p.)ISBN: 14244-0033-3.
Detail

Kubecka L, Kolar R, Jan J, Jirik R. Retrospective Illumination Correction of Retinal Images. In Proceedings of 17th International EURASIP Conference BIOSIGNAL 2004. Brno: 2006. p. 257 ( p.)
Detail

Anagnostoudis, A., Jan, J. Deploying a Campus Grid: Experience With The Condor Distributed Batch System. In CD 3rd European Medical & Biological Engineering Conference EMBEC'05. 2005. p. 1692 ( p.)
Detail

Kolář R, Kubečka L, Flusser J, Jan J, Jiřík R. Noise Suppression In Retinal Autofluorescence Images. In Analysis of Biomedical Signals and Images. Brno: VUTIUM Press, 2006. p. 302 ( p.)ISBN: 80-214-3152-0.
Detail

Kolář R, Kubečka L, Jan J, Jiřík R. Image Improvement in Confocal Scanning Laser Ophthalmoscopy. In Analysis of Biomedical Signals and Images. Brno: VUTIUM Press, 2006. p. 239 ( p.)ISBN: 80-214-3152-0.
Detail

Kolář R, Jiřík R, Začal J, Jonáková M, Jan J. 3D Ultrasound Point Spread Function Measurement and Evaluation. In Analysis of Biomedical Signals and Images. Brno: VUTIUM Press, 2006. p. 305 ( p.)ISBN: 80-214-3152-0.
Detail

Filipík, A., Jan, J., Jiřík, R., Ruiter, N., Stotzka, R. Transducer Calibration in Transmission Ultrasound Tomography. In IFMBE Proceedings (EMBEC). IFMBE Proceedings Vol.11, 2005. Praha: IFMBE, 2005. p. 450 ( p.)
Detail

Jan, J., Jiřík, R., Kolář, R., Filipík, A., Kubečka, L. Selected Problems of Medical Image Data Processing (vyžádaný referát). In 2. společná konference. Praha: UTIA AVČR Praha, 2005. p. 1 ( p.)
Detail

ZAČAL, J., HEMZAL, D., JAN, J., FILIPÍK, A., JIŘÍK, R., KOLÁŘ, R. Comparison of Wave-Equation Based Versus Measurement-Processing Based Transducer Calibration for Ultrasonic Transmission Tomography. In Abstracts of Contributions to 2nd International Workshop on Data – Algorithms – Decision Making. ÚTIA 2006/32. Praha: ÚTIA AV ČR, 2006. p. 50 ( p.)
Detail

PETERLÍK, I.; JIŘÍK, R.; RUITER, N.; STOTZKA, R.; JAN, J.; KOLÁŘ, R. Ultrasound Transmission Tomography Using Algebraic Reconstruction Techniques. In Abstracts of Contributions to 2nd International Workshop on Data - Algorithms - Decision Making. Praha: UTIA, AV ČR, 2006. p. 34 ( p.)
Detail

HLINĚNÁ, D.; DAŇKOVÁ, M.; ŠTAJNER-PAPUGA, I. Pseudo Riemann-Stielties integral based Fourier transform. In Aplimat 2007. Bratislava: Department of Mathematics, Faculty of Mechanical Engineering, Slovak University of Technology in Bratislava, 2007. p. 373 ( p.)ISBN: 978-80-969562-5-8.
Detail

KOLÁŘ, R.; JAN, J. Analýza barevných snímků, HRT obrazů a autofluorescenčních obrazů pro podporu diagnostiky glaukomu. In Sborník abstrakt - XV. sjezd České oftalmologické společnosti. Brno: ČOS, 2007. s. 173-173. ISBN: 978-80-87086-01-8.
Detail

KOLÁŘ, R.; JAN, J. Vývoj nových metod pro včasnou diagnostiku glaukomu. In Trendy v biomedicínském inženýrství. Kladno: ČVUT v Praze, 2007. s. 212-215. ISBN: 978-80-01-03777-5.
Detail

KOLÁŘ, R.; JAN, J.; JIŘÍK, R. Semiautomatic Detection and Evaluation of Autofluorescent Areas in Retinal Images. In Sborník konference 29th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. 2007. s. 3327-3330.
Detail

KOLÁŘ, R., JAN, J., LAEMMER, R., MARDIN, CH.Y., JIŘÍK, R., ZAČAL, J., FILIPÍK, A., PETERLÍK, I. Analysis of Retinal Autofluorescence Images for Early Glaucoma Diagnosis. In Abstracts of Contributions to 2nd International Workshop on Data - Algorithms - Decision Making. Česká Republika: DAR ÚTIA Praha, 2006. p. 35 ( p.)
Detail

KOLÁŘ, R., JAN, J., KUBĚNA, T., ČERNOŠEK, P., JIŘÍK, R., ZAČAL, J., FILIPÍK, A., PETERLÍK, I. Properties of the Retinal Nerve Fiber Layer via Color Fundus Images. In Abstracts of Contributions to 2nd International Workshop on Data - Algorithms - Decision Making. Česká Republika: DAR ÚTIA Praha, 2006. p. 52 ( p.)
Detail

Igor Peterlík, Radovan Jiřík, Nicole Ruiter, Rainer Stotzka, Jiří Jan Radim Kolář. Algebraic Reconstruction Technique for Ultrasound Transmission Tomography. In Proceedings of International Conference ITAB 2006. Ioannina, Řecko: The University of Ioannina, 2006. p. 1 ( p.)
Detail

Kubecka L., Jan J., Kolar R., Jirik R. IMPROVING QUALITY OF AUTOFLUORESCENCE IMAGES USING NON-RIGID IMAGE REGISTRATION. In Proc. 14th European Signal Processing Conf. EUSIPCO 2006. 1. Florence (Italy): Univ. of Pisa, 2006. p. 357 ( p.)
Detail

KUBEČKA, L.; JAN, J.; KOLÁŘ, R.; JIŘÍK, R. Elastic Registration for Auto-fluorescence Image Averaging. In Proc. 28th IEEE/EMBS Ann.Intern. Conf. 2006. New York: IEEE, 2006. p. 1948 ( p.)ISBN: 1-4244-0033-3.
Detail

J.Jan, R.Kolar,R.Jirik, A.Filipik,L.Kubečka,I.Peterlik,J.Zacal. Overview of Biomedical Image Processing Activities of Brno Group of the DAR. In Abstracts of 2nd Int. Workshop on Data-Algorithms-Decision making. Praha: UTIA AVČR Praha, 2006. p. 1 ( p.)
Detail

A.Filipík, J.Jan, R.Jiřík. Calibration of a Transmission Ultrasound Computed Tomography System. In Abstracts of 2nd Int. Workshop on Data-Algorithms-Decision making. Třešť: UTIA AVČR Praha, 2006. p. 45 ( p.)
Detail

JIŘÍK, R.; PETERLÍK, I.; ZAČAL, J.; JAN, J.; RUITER, N.; STOTZKA, R.; KOLÁŘ, R.; KUBEČKA, L. Attenuation Imaging in Ultrasound Transmission Tomography. In Proceedings of 18th Int. EURASIP Conf. BIOSIGNAL 2006. Brno, Česká republika: VUTIUM Press, 2006. p. 233 ( p.)ISBN: 80-214-3152-0.
Detail

R. Jiřík, I. Peterlík, J. Jan, J. Začal, R. Kolář, N. Ruiter, R. Stotzka. Reconstruction of Attenuation Images in Ultrasound Transmission Tomography. In Abstracts of Contributions to 2nd International Workshop on Data - Algorithms - Decision Making. Třešť, Česká Republika: DAR ÚTIA Praha, 2006. p. 48 ( p.)
Detail

ZAČAL, J.; HEMZAL, D.; JAN, J.; DĚDEK, L.; JIŘÍK, R. Simulation checks in ultrasonic computed tomography. In Proceedings of the 29th IEEE-EMBS conference, Lyon 2007. IEEE EMBS. Lyon: IEEE - EMBS, 2007. p. 731-734. ISBN: 1-4244-0788-5.
Detail

FILIPÍK, A.; PETERLÍK, I.; HEMZAL, D.; JAN, J.; JIŘÍK, R. Calibrating an Ultrasonic Compted Tomography System using a Time-of-Flight based Positionaing Algorithm. In Proc. of 29th IEEE-EMBS conference, Lyon 2007. IEEE-EMBS. Lyon: IEEE EMBS, 2007. p. 2146-2149. ISBN: 1-4244-0788-5.
Detail

JAN, J.; KUBEČKA, L.; KOLÁŘ, R.; CHRÁSTEK, R. Analysis of Fused Ophtalmologic Image Data. In Proceedings of the EC-SIPMCS conference (CD issue). Maribor, Slovenia: IEEE, University of Maribor, 2007. p. 37-40. ISBN: 978-961-248-029-5.
Detail

JIŘÍK, R.; PETERLÍK, I.; JAN, J.; HEMZAL, D.; RUITER, N.; STOTZKA, R. Attenuation Imaging Using Ultrasound Transmission Tomography. In Abstracts of Contributions to 3rd International Workshop on Data - Algorithms - Decision Making. Liblice, Česká Republika: DAR ÚTIA Praha, 2007. p. 49-49.
Detail

JIŘÍK, R.; JAN, J.; PETERLÍK, I.; HEMZAL, D.; FILIPÍK, A.; ZAČAL, J.; ROLEČEK, J.; KOLÁŘ, R. Ultrasound Transmission Tomography. In Sborník 7. česko-slovenské konference Trendy v biomedicínském inženýrství. Kladno, Česká republika: ČVUT, FBMI, 2007. p. 208-211. ISBN: 978-80-01-03777-5.
Detail

FILIPÍK, A.; JAN, J.; PETERLÍK, I.; HEMZAL, D.; JIŘÍK, R. Calibration of an Ultrasonic Computed Tomography System. In Abstracts of Contributions to 3rd International Workshop on Data-Algorithms-Decision Making, Liblice 2007. UTIA AVČR. Praha: ÚTIA AVČR, 2007. p. 16-16.
Detail

ROLEČEK, J.; HEMZAL, D.; JAN, J.; PETERLÍK, I. Simulation of Forward Task Solution in 3D USCT. In Abstracts of Contributions to 3rd International Workshop on Data-Algorithms-Decision Making, Liblice 2007. UTIA AVČR. Praha: ÚTIA AVČR, 2007. p. 51-51.
Detail

KOLÁŘ, R.; JAN, J. Registration framework for the autofluorescence and infrared images. In Abstracts of Contributions to 3rd International Workshop DAR. Praha: ÚTIA AV ČR, 2007. p. 18-18.
Detail

KOLÁŘ, R.; JAN, J. Texture Analysis of Retinal Nerve Fiber Layer in Color Fundus Images. In Abstracts of Contributions to 3rd International Workshop DAR. Praha: ÚTIA AV ČR, 2007. p. 50-50.
Detail

ODSTRČILÍK, J.; KOLÁŘ, R.; HARABIŠ, V.; GAZÁREK, J.; JAN, J. Retinal Nerve Fiber Layer Analysis via Markov Random Fields Texture Modelling. In 18th European Signal Processing Conference (EUSIPCO-2010). 18th European Signal Processing Conference (EUSIPCO-2010). EURASIP. EURASIP, 2010. p. 1650-1654. ISSN: 2076-1465.
Detail

FILIPÍK, A.; JAN, J.; PETERLÍK, I.; HEMZAL, D.; RUITER, N.; JIŘÍK, R. Modified Time-of-Flight Based Calibration Approach for Ultrasonic Computed Tomography. In Proceedings 30th Int. Conf. IEEE-EMBS. IEEE. Vancouver: IEEE - EMBS, 2008. p. 2101-2104. ISBN: 978-1-4244-1815-2.
Detail

ODSTRČILÍK, J.; JAN, J.; KOLÁŘ, R.; GAZÁREK, J. Improvement of Vessel Segmentation by Matched Filtering in Colour Retinal Images. In IFMBE Proceedings of World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering. Springer. Springer, 2009. p. 327-330. ISBN: 978-3-642-03897-6.
Detail

HAVLÍCEK, M.; JAN, J.; PLIS, S.; BRÁZDIL, M.; CALHOUN, V. Dynamic Granger causality with embedded hemodynamic model. 16th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping. humanbrainmapping. Barcelona: Organization for Human Brain Mapping, 2010. p. 88-89.
Detail

KOLÁŘ, R.; ŠIKULA, V.; BAŠE, M. Retinal Image Registration using Local Phase Correlation. In Proceedings of Biosignal 2010: Analysis of Biomedical Signals and Images. 2010. p. 244-252. ISBN: 978-80-214-4106-4.
Detail

KOLÁŘ, R.; TAŠEVSKÝ, P. Registration of 3D Retinal Optical Coherence Tomography Data and 2D Fundus Images. In Biomedical Image registration. Lecture Notes in Computer Science. 2010. p. 72-82. ISSN: 0302-9743.
Detail

NOVOTNÝ, A.; ODSTRČILÍK, J.; KOLÁŘ, R.; JAN, J. Texture Analysis Of Nerve Fibre Layer In Retinal Images Via Local Binary Patterns And Gaussian Markov Random Fields. In 20th Biennial International EURASIP Conference BIOSIGNAL 2010. Analysis of Biomedical Signals and Images. EURASIP. Brno: EURASIP, 2010. p. 308-315. ISBN: 978-80-214-4106-4. ISSN: 1211-412X.
Detail

H.Niemann,R.Chrastek,B.Lausen,L.Kubečka,J.Jan,C.Y. Mardin,G.Michelson. Towards automated diagnostic evaluation of retina imagess. Pattern Recognition and Image Analysis, 2006, vol. 2006, no. 4, p. 671 ( p.)ISSN: 1054-6618.
Detail

KOLÁŘ R., JAN J., KUBEČKA L. Computer support for early glaucoma diagnosis based on the fused retinal images. Scripta medica, 2006, vol. 2006, no. 79, p. 249-259. ISSN: 1211-3395.
Detail

H. Niemann, R. Chrastek, T. Hothorn, B. Lausen, L. Kubecka, J. Jan, G. Michelson. Towards automated diagnostic evaluation of retina images. Pattern Recognition and Image Analysis, 2005, vol. 15, no. 2, p. 273 ( p.)ISSN: 1054-6618.
Detail

KOLÁŘ, R.; JAN, J.; KUBEČKA, L. Registration and Fusion of the Autofluorescent and Infrared Retinal Images. International Journal of Biomedical Imaging, 2008, vol. 2008, no. 513478, p. 1-11. ISSN: 1687-4188.
Detail

KOLÁŘ, R.; JAN, J. Detection of Glaucomatous Eye via Color Fundus Images Using Fractal Dimensions. Radioengineering, 2008, roč. 17, č. 3, s. 109-114. ISSN: 1210-2512.
Detail

HAVLÍČEK, M.; JAN, J.; MIKL, M.; BRÁZDIL, M. Comparison of analytic methods for evaluation of functional and effective brain connectivity from fMRI data. Analysis of Biomedical Signals and Images, 2008, vol. 2008, no. 1, p. 38-47. ISSN: 1211-412X.
Detail

ROLEČEK, J.; HEMZAL, D.; JAN, J.; PETERLÍK, I. Wave Equation Based Simulation of 3D Field in USCT. Analysis of Biomedical Signals and Images, 2008, vol. 2008(19), no. 1, p. 214-219. ISSN: 1211-412X.
Detail

GAZÁREK, J.; JAN, J.; KOLÁŘ, R. DETECTION OF NEURAL FIBRE LAYER IN RETINAL IMAGES VIA TEXTURAL ANALYSIS. Analysis of Biomedical Signals and Images, 2008, vol. 2008(19), no. 1, p. 181-187. ISSN: 1211-412X.
Detail

HARABIŠ, V.; KOLÁŘ, R. Automatic Landmark Detection for Retinal Image Registration. Analysis of Biomedical Signals and Images, 2008, vol. 19, no. 1, p. 1-8. ISSN: 1211-412X.
Detail

KOLÁŘ, R.; JAN, J.; LAEMMER, R.; MARDIN, C. The segmentation of zones with increased autofluorescence in the junctional zone of parapapillary atrophy. PHYSIOLOGICAL MEASUREMENT, 2009, roč. 2009, č. 30, s. 505-516. ISSN: 0967-3334.
Detail

KOLÁŘ, R.; ČERNOŠEK, P.; JAN, J.; KUBĚNA, T. Statistická analýza vrstvy nervových vláken v barevných digitálních snímcích sítnice. Česká a slovenská oftalmologie, 2009, roč. 65, č. 2, s. 53-58. ISSN: 1803-6597.
Detail

HAVLÍČEK, M.; JAN, J.; BRÁZDIL, M.; CALHOUN, V. Dynamic Granger causality based on Kalman filter for evaluation of functional network connectivity in fMRI data. NeuroImage, 2010, vol. 53, no. 1, p. 65-77. ISSN: 1053-8119.
Detail

PETERLÍK, I.; JIŘÍK, R.; JAN, J.; RUITER, N. Ultrasound Attenuation Transmission Tomography Using Regularized Image Reconstruction. Analysis of Biomedical Signals and Images, 2008, vol. 2008(19), no. 1, p. 251-254. ISSN: 1211-412X.
Detail

ODSTRČILÍK, J.; JAN, J.; KOLÁŘ, R. Segmentation of Vessel Structure in Retinal Images by Matched Filtering. Analysis of Biomedical Signals and Images, 2008, vol. 2008(19), no. 1, p. 178-183. ISSN: 1211-412X.
Detail

PETERLÍK, I.; JIŘÍK, R.; RUITER, N.; JAN, J. Regularized Image Reconstruction for Ultrasound Attenuation Transmission Tomography. Radioengineering, 2008, vol. 12, no. 2, p. 125-132. ISSN: 1210-2512.
Detail

LAEMMER, R.; KOLÁŘ, R.; JAN, J.; MARDIN, C. Impact Of Parapapillary Autofluorescence In Glaucoma: Clinical Aspects. Analysis of Biomedical Signals and Images, 2008, roč. 19, č. 1, s. 1-4. ISSN: 1211-412X.
Detail

HAVLÍČEK, M.; FRISTON, K.; JAN, J.; BRÁZDIL, M.; CALHOUN, V. Dynamic modeling of neuronal responses in fMRI using cubature Kalman filtering. NeuroImage, 2011, vol. 56, no. 4, p. 2109-2128. ISSN: 1053-8119.
Detail

KUBEČKA, L.; JAN, J.; KOLÁŘ, R. Retrospective Illumination Correction of Retinal Images. International Journal of Biomedical Imaging, 2010, vol. 2010, no. 5, p. 201-223. ISSN: 1687-4188.
Detail

JAN, J.; KOLÁŘ, R.; KUBEČKA, L.; ODSTRČILÍK, J.; GAZÁREK, J. FUSION BASED ANALYSIS OF OPHTHALMOLOGIC IMAGE DATA. Kybernetika, 2011, vol. 47 (2011), no. 3, p. 455-481. ISSN: 0023-5954.
Detail

Kubečka L. Segmentace oftalmologických obrazů s využitím fúzovaných vektorových obrazových dat. Brno: 2005. s. 1 ( s.)
Detail

KOLÁŘ, R. Detekce výpadku vrstvy nervových vláken v barevných fundus snímcích. Sborník abstrakt - Kongres České glaukomové společnosti. 2008. s. 58-58. ISBN: 978-80-254-1568-9.
Detail

ODSTRČILÍK, J.; JAN, J.; KOLÁŘ, R. Vessel Segmentation by Matched Filtering in Colour Retinal Images. Abstracts of Contributions to 5th International Workshop on Data - Algorithms - Decision Making. Ústav teorie informace AV ČR, v.v.i. 2009. p. 48-48.
Detail

JIŘÍK, R.; PETERLÍK, I.; JAN, J.; RUITER, N.; ZAPF, M. 3D Regularized Speed-Map Reconstruction in Ultrasound Transmission Tomography. Abstracts of 2009 IEEE International Ultrasonics Symposium, Roma. IEEE, 2009.
Detail

GAZÁREK, J.; JAN, J.; KOLÁŘ, R. Improvement of Textural Analysis Mathod Aimed to Detection of Neural Fibre Layer Loss in Retinal Images. Abstracts of Contributions to 5th International Workshop on Data - Algorithms - Decision Making. Ústav teorie informace AV ČR, v.v.i. UTIA AV ČR, 2009. p. 41-41.
Detail

GAZÁREK, J.; HAVLÍČEK, M.; JAN, J. Ověření schopnosti ICA detekovat méně výrazné aktivace ve skupinovém zpracovaní fMRI dat. Zborník 56.spoločného zjazdu slovenskej a českej spoločnosti klinickej neurofyziológie. Martin: Slovenská spoločnosť pre klinickú neurofyziológiu, 2009.
Detail

KOLÁŘ, R. Detekce výpadku vrstvy nervových vláken v barevných fundus snímcích. Sborník abstrakt, Kongres České glaukomové společnosti. 2008. s. 58-58. ISBN: 978-80-254-1568-9.
Detail

FILIPÍK, A.; JAN, J.; PETERLÍK, I.; HEMZAL, D.; RUITER, N.; JIŘÍK, R. Modified Time-of-Flight Calibration Approach for Ultrasonic Computed Tomography. Abstracts of Contributions, 4th Int. Workshop DAR. Praha: ÚTIA Praha, 2008. p. 45-45.
Detail

HAVLÍČEK, M.; MIKL, M.; MAREČEK, R.; JAN, J.; BRÁZDIL, M. Konektivita funkčních sítí pomocí dynamického modelu Grangerovy kauzality. Zborník 56.spoločného zjazdu slovenskej a českej spoločnosti klinickej neurofyziológie. Martin: Slovenská spoločnosť pre klinickú neurofyziológiu, 2009.
Detail

GAZÁREK, J.; JAN, J.; KOLÁŘ, R.; ODSTRČILÍK, J. Bimodal Comparison of Retinal Nerve Fibre Layer Thickness: Fundus Camera versus Optical Coherence Tomography. Abstracts of Contributions to 6th International Workshop on Data-Algorithms-Decision Making. UTIA. Praha, ČR: UTIA AV ČR, 2010. p. 50-50.
Detail

ODSTRČILÍK, J.; KOLÁŘ, R.; JAN, J.; GAZÁREK, J. Retinal nerve fiber layer texture analysis via markov random fields. Abstracts of Contributions to 6th International Workshop on Data-Algorithms-Decision Making. UTIA. Praha, ČR: UTIA AV ČR, 2010. p. 49-49.
Detail

JAN, J. Medical Image Processing, Reconstruction and Restoration - Concepts and Methods. Signal Processing and Comm. Signal Processing and Comm. Boca Raton, FL, USA: CRC Press, Taylor and Francis Group, 2006. 760 p. ISBN: 0-8247-5849-8.
Detail

KOLÁŘ, R.; VÁCHA, P. Texture Analysis of the Retinal Nerve Fiber Layer in Fundus Images via Markov Random Fields. World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering, September 7 - 12, 2009, Munich, Germany. Springer, 2009. p. 247-250. ISBN: 978-3-642-03881-5.
Detail

KOLÁŘ, R.; HARABIŠ, V. Automatic Rigid Registration and Analysis of Colour Fundus Image in Patients with Diabetic Retinopathy. World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering, September 7 - 12, 2009, Munich, Germany. Springer, 2009. p. 251-254. ISBN: 978-3-642-03881-5.
Detail

BUDAI, A.; ODSTRČILÍK, J.; KOLÁŘ, R.; HORNEGGER, J.; JAN, J.; KUBĚNA, T.; MICHELSON, G. A Public Database for the Evaluation of Fundus Image Segmentation Algorithms. Proc. of the Association for Research in Vision and Ophthalmology conference (ARVO) 2011. ARVO 2011. Fort Lauderdale, Florida, USA: Association for Research in Vision and Ophthalmology, Inc., 2011. p. 1-2.
Detail

LAMOŠ, M.; MIKL, M.; JAN, J. Hemodynamický model v analýze efektivní mozkové konektivity pomocí fMRI. In Sborník konference Trendy v biomedicínském inženýrství 2011. 2011. s. 187-190. ISBN: 978-80-248-2475-8.
Detail

KOLÁŘ, R.; ODSTRČILÍK, J.; HARABIŠ, V.; JAN, J. Illumination Correction and Contrast Equalization in Colour Fundus Images. In 19th European Signal Processing Conference (EUSIPCO-2011). 18th European Signal Processing Conference (EUSIPCO-2010). EURASIP. Barcelona: EURASIP, 2011. p. 298-302. ISSN: 2076-1465.
Detail

JIŘÍK, R.; PETERLÍK, I.; RUITER, N.; FOUSEK, J.; DAPP, R.; ZAPF, M.; JAN, J. Sound-Speed Image Reconstruction in Sparse-Aperture 3D Ultrasound Transmission Tomography. IEEE Transactions on Ultrasonocs, Ferroelectrics, and Frequency Control, 2012, vol. 2012, no. 2, p. 254-264. ISSN: 0885-3010.
Detail

HAVLÍČEK, M.; LAMOŠ, M.; JAN, J. fMRI Image Data Analysis in DAR - a Survey. Abstracts of Contributions to 7th International Workshop on Data-Algorithms-Decision Making. 2011. Praha, ČR: ÚTIA AV ČR, 2011. p. 13-13.
Detail

LAMOŠ, M.; LABOUNEK, R.; JAN, J. EEG/fMRI Analysis Enhancement using EEG Data Processing. Abstracts of Contributions to 7th International Workshop on Data-Algorithms-Decision Making. 2011. Praha, ČR: ÚTIA AV ČR, 2011. p. 42-42.
Detail

ODSTRČILÍK, J.; KOLÁŘ, R.; JAN, J.; BUDAI, A. Gold Standard Database to Support Evaluation of Fundus Image Segmentation Methods. Abstracts of Contributions to 7th International Workshop on Data-Algorithms-Decision Making. UTIA. Praha, ČR: UTIA AV ČR, 2011. p. 46-46.
Detail

JAN, J. Biomedical Engineering Education concepts. Biomedical Engineering 2011, 2011, vol. 2012, no. 1, p. 123-130. ISSN: 2029-3380.
Detail

JAN, J.; MALÍNSKÝ, M.; PETER, R.; OUŘEDNÍČEK, P. Flexible 3D disparity based registration as a background for improved CT angiography vessel representation. Biomedical Engineering 2011, 2011, vol. 2011, no. 1, p. 69-71. ISSN: 2029-3380.
Detail

FILIPÍK, A.; JAN, J.; PETERLÍK, I. Time-of-Flight Based Calibration of an Ultrasonic Computed Tomography System. Radioengineering, 2012, vol. 2012 (21), no. 1, p. 533-544. ISSN: 1210-2512.
Detail

JAN, J.; KOLÁŘ, R.; KUBEČKA, L.; ODSTRČILÍK, J.; GAZÁREK, J. Ophthalmological Image Processing and Analysis in DAR - a survey. Abstracts of Contributions to 7th Intern. Workshop on Data - Algorithms - Decision making. 1. Praha: UTIA AVČR, 2011. p. 25-25.
Detail

LAMOŠ, M.; MIKL, M.; JAN, J. Analysis of brain connectivity in simultaneous EEG/fMRI. In Proceedings of 19th International Conference on Systems, Signals and Image Processing (IEEE - IWSSIP 2012). Vienna, Austria: 2012. p. 606-609. ISBN: 978-3-200-02588-2.
Detail

JAN, J.; ODSTRČILÍK, J.; GAZÁREK, J.; KOLÁŘ, R. Retinal Image Analysis Aimed at Blood Vessel Tree Segmentation and Early Detection of Neural-Layer Deterioration. COMPUTERIZED MEDICAL IMAGING AND GRAPHICS, 2012, vol. 2012, no. 6, p. 431-441. ISSN: 0895-6111.
Detail

FOUSEK, J.; JIŘÍK, R.; RUITER, N.; JAN, J. FAST 3D SIMULATION FOR ULTRASOUND TRANSMISSION TOMOGRAPHY. In Proc. of IEEE-IWSSIP 2012 Vienna. Vienna (A): TU Wien, 2012. p. 602-605. ISBN: 978-3-200-02588-2.
Detail

ODSTRČILÍK, J.; KOLÁŘ, R.; JAN, J.; GAZÁREK, J.; KUNA, Z.; VODÁKOVÁ, M. Analysis of retinal nerve fiber layer via Markov random fields in color fundus images. In Proceedings of 19th International Conference on Systems, Signals and Image Processing (IEEE - IWSSIP 2012). Vídeň, Rakousko: TU Wien, 2012. p. 504-507. ISBN: 978-1-4577-2191-5.
Detail

JAN, J. Výroční zpráva o činnosti týmu řešitelské skupiny FEKT VUT Brno v centru DAR v r. 2006. VUT v Brně. Brno: VUT v Brně, 2007. s. 1-7.
Detail

KOLÁŘ, R.; JAN, J.: SAFAS; Software pro poloautomatickou analýzu autofluorescenčních obrazů sítnice. University hospital Erlangen. URL: http://www.dbme.feec.vutbr.cz. (software)
Detail

JAN, J.; KOLÁŘ, R.; MICHELSON, G.; KUBEČKA, L.; PETER, R.: OPHTALMO; Web-resident algorithmic package OPHTALMO to analyse retinal images with casuistic database. server VUT - ÚBMI. URL: http://ophthalmo.feec.vutbr.cz/ also at www.izpi.de.. (software)
Detail

ROLEČEK, J.; HEMZAL, D.; JAN, J.: SimWE; Ultrasound Simulation Using Helmholtz Equation. server (E332). URL: http://www.ubmi.feec.vutbr.cz. (software)
Detail

ODSTRČILÍK, J.; JAN, J.; KOLÁŘ, R.; GAZÁREK, J.: vessels_program_v3.1; Software pro segmentaci cévního řečiště na snímcích sítnice. Ústav biomedicínského inženýrství, Kolejní 4, 612 00 Brno. URL: http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty. (software)
Detail

KRATOCHVÍLA, J.; JIŘÍK, R.; JAN, J.: Dynamická fokusace; Rekonstrukce B-mód obrazů pro USCT. ÚSTAV BIOMEDICÍNSKÉHO INŽENÝRSTVÍ Vysoké učení technické v Brně Kolejní 2906/4, E233 612 00 Brno Česká republika. URL: http://projects.ubmi.feec.vutbr.cz/software/dynamicka_fokusace.zip http://www.dbme.feec.vutbr.cz/~jirik/usct.html. (software)
Detail

ODSTRČILÍK, J.; KOLÁŘ, R.; HARABIŠ, V.; JAN, J.; GAZÁREK, J.; NOVOTNÝ, A.: RNFL_detection_v2.0; Software pro detekci výpadku ve vrstvě nervových vláken na sítnici. Ústav biomedicínského inženýrství, Kolejní 4, 612 00 Brno. URL: http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty. (software)
Detail

MALÍNSKÝ, M.; PETER, R.; JAN, J.; OUŘEDNÍČEK, P.: CTSA; Novel analytic software for 3D subtractive angiography based on CT image data (CTSA project). server na UBMI FEKT VUT. URL: http://projects.ubmi.feec.vutbr.cz/dcta/. (software)
Detail

GAZÁREK, J.; JAN, J.; KOLÁŘ, R.; ODSTRČILÍK, J.: RNFL_reg_2.0; Software pro detekci fokálního výpadku vrstvy nervových vláken pomocí texturní analýzy. Ústav biomedicínského inženýrství, VUT v Brně, Kolejní 2906/4, Brno. URL: http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty. (software)
Detail

GAZÁREK, J.; KOLÁŘ, R.; JAN, J.; ODSTRČILÍK, J.: OCT_blood_vessel_tree_2.1; Software pro rekonstrukci cévního řečiště z dat optické koherentní tomografie. Ústav biomedicínského inženýrství, VUT v Brně, Kolejní 2906/4, Brno. URL: http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty. (software)
Detail

JIŘÍK, R.; FOUSEK, J.; JAN, J.: SynthUSCT; Synthetic 3D Ultrasound Transmission Tomograph. Ústav biomedicínského inženýrství, FEKT VUT v Brně, Kolejní 4 61200 Brno. URL: http://www.dbme.feec.vutbr.cz/~jirik/usct.html, http://projects.ubmi.feec.vutbr.cz/software/simulated_usct.zip. (software)
Detail

ODSTRČILÍK, J.; SVOBODA, O.; BUDAI, A.; KOLÁŘ, R.; JAN, J.; GAZÁREK, J.: Fundus gold standard database; Gold standard database for evaluation of fundus image segmentation algorithms. Friedrich-Alexander University Erlangen-Nuremberg a Vysoké učení technické v Brně, FEKT, Ústav biomedicínského inženýrství.. URL: http://www5.informatik.uni-erlangen.de/research/data/fundus-images; http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty. (software)
Detail

ODSTRČILÍK, J.; SVOBODA, O.; KOLÁŘ, R.; JAN, J.; GAZÁREK, J.: applet_seg_v01; Applet for quantitative evaluation of automatic vessel segmentation methods. Ústav biomedicínského inženýrství, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, Vysoké učení technické v Brně.. URL: http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty. (software)
Detail

PODLIPNÁ, P.; HARABIŠ, V.; KOLÁŘ, R.: Registration OCT B-scans; Registrace OCT B-skenů. Ústav biomedicínského inženýrství, FEKT VUT v Brně, Kolejní 4 61200 Brno. URL: http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty. (software)
Detail

KOLÁŘ, R.; HARABIŠ, V.: HRIR; Hybrid Retinal Image Registration. Ústav biomedicínského inženýrství, FEKT, VUT v Brně.. URL: http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty. (software)
Detail

PODLIPNÁ, P.; HARABIŠ, V.; KOLÁŘ, R.: Hodnocení registrace; Hodnocení registrace obrazů sítnice. Ústav biomedicínského inženýrství, FEKT VUT v Brně, Kolejní 4 61200 Brno. URL: http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty. (software)
Detail

GAZÁREK, J.; JAN, J.; KOLÁŘ, R.; ODSTRČILÍK, J.: rnfl_direct_v01; Software pro určení směrovosti vrstvy nervových vláken pomocí texturní analýzy u snímku pořízených fundus kamerou. Ústav biomedicínského inženýrství, FEKT, VUT v Brně.. URL: http://www.ubmi.feec.vutbr.cz/vyzkum-a-vyvoj/produkty. (software)
Detail

FOUSEK, J.; JIŘÍK, R.; JAN, J.: USCT-sim; USCT-sim: 3D Simulator for Ultrasound Transmission Tomography. UBMI. URL: http://www.fi.muni.cz/~xfous/USCT/. (software)
Detail

JIŘÍK, R.; PETERLÍK, I.; JAN, J.: SOS-RECO; USCT Sound-Speed Reconstruction. ÚBMI FEKT VUT Brno. URL: http://www.dbme.feec.vutbr.cz/~jirik/usct. (software)
Detail

Kolář: 3rd International Workshop DAR Liblice 2007. Liblice (09.12.2007)
Detail