Přístupnostní navigace
E-application
Search Search Close
Project detail
Duration: 01.07.2006 — 30.06.2011
Funding resources
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR - Zdravý a kvalitní život
- whole funder (2007-01-01 - 2011-06-30)
On the project
Předmětem výzkumu jsou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomáhají při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměřujeme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a možnost vysokého stupně automatizace. Zkoumány jsou možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality, mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace analýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt je realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.
Description in EnglishThe project aims at the determination of markers, screening and early diagnostics of cancer diseases using highly automated processing of multidimensional biomedical images
Keywordszpracování obrazu, bioinformatika
Key words in Englishimage processing, bioinformatics
Mark
2B06052
Default language
Czech
People responsible
Zemčík Pavel, prof. Dr. Ing., dr. h. c. - fellow researcherSmrž Pavel, doc. RNDr., Ph.D. - principal person responsible
Units
Faculty of Information Technology- beneficiary (2006-07-01 - 2008-03-30)
Results
SMRŽ, P.; ŠILHAVÁ, J. A Framework for Microarray Data Mining and Processing. Information and Intelligent Systems. 18th International Conference. Varaždin: 2007. p. 337-343. ISBN: 978-953-607130-2.Detail
PŘIBYL, B.; SEEMAN, M. Precise Image Resampling for Optics Geometry Correction. Digital Technologies 2007. Žilina: Faculty of Electrical Engineering of Zilina Univerzity, 2007. p. 1-6.Detail
SEEMAN, M.; ZEMČÍK, P. Histogram Smoothing for Bilateral Filter. GraVisMa 2009. Plzeň: University of West Bohemia in Pilsen, 2012. p. 145-148. ISBN: 978-80-86943-90-9.Detail
ZEMČÍK, P.; PŘIBYL, B.; HEROUT, A.; SEEMAN, M. Accelerated Image Resampling for Geometry Correction. Journal of Real-Time Image Processing, 2011, vol. 6, no. 3, p. 1-9. ISSN: 1861-8200.Detail
SEEMAN, M.; ZEMČÍK, P.; JURÁNEK, R.; HEROUT, A. Rychlý bilaterální filtr pro zpracování HDR obrazů. JOURNAL OF VISUAL COMMUNICATION AND IMAGE REPRESENTATION, 2011, roč. 2012, č. 1, s. 0-0. ISSN: 1047-3203.Detail
ZEMČÍK, P.; PŘIBYL, B.; ŽÁDNÍK, M.; KORČEK, P. Fast and Energy Efficient Image Processing Algorithms using FPGA. Proceedings of the 21th Conference on Field Programmable Logic and Applications Workshop. Chania: Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2011. p. 35-36. ISBN: 978-0-7695-4529-5.Detail
PŘIBYL, B.; ZEMČÍK, P. Simple Single View Scene Calibration. In Advanced Concepts for Intelligent Vision Systems. Lecture Notes in Computer Science. Lecture Notes in Computer Science. Ghent: Springer Verlag, 2011. p. 748-759. ISBN: 978-3-642-23686-0. ISSN: 0302-9743.Detail
SMRŽ, P.; ŠILHAVÁ, J.; KLÉMA, J.; ŽELEZNÝ, F. Gene Expression Data Mining Guided by Genomic Background Knowledge. SOFSEM 2008: Theory and Practice of Computer Science. Nový Smokovec: Springer Verlag, 2008. p. 101-111. ISBN: 978-80-7097-697-5.Detail
ŠILHAVÁ, J.; SMRŽ, P. Gene Ontology Driven Feature Filtering from Microarray Data. Znalosti 2010. 9th Annual Conference, Jindřichův Hradec. Jindřichův Hradec: 2010. s. 263-266. ISBN: 978-80-245-1636-3.Detail
ŠILHAVÁ, J.; SMRŽ, P. Additional Predictive Value of Microarray Data Compared to Clinical Variables. PRIB 2009, 4th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics. Sheffield: University of Sheffield, 2009. p. 1-6. ISBN: 978-0-9563399-0-4.Detail
ŠILHAVÁ, J.; SMRŽ, P. Improved Disease Outcome Prediction Based on Microarray and Clinical Data Combination and Pre-validation. Biomedical Engineering Systems and Technologies. Valencia: Springer Verlag, 2010. p. 36-41. ISBN: 978-3-540-92218-6.Detail
HRADIŠ, M.; HEROUT, A.; ZEMČÍK, P. Local Rank Patterns - Novel Features for Rapid Object Detection. Proceedings of International Conference on Computer Vision and Graphics 2008. Lecture Notes in Computer Science. Lecture Notes in Computer Science. Heidelberg: Springer Verlag, 2008. p. 1-12. ISSN: 0302-9743.Detail
ŠILHAVÁ, J.; SMRŽ, P. Combination of Logistic Regression and Boosting to Predict Disease Outcome. Applied Statistics 2010 International Conference. Ribno, Bled: 2010. p. 35-35. ISBN: 978-961-92487-4-4.Detail
ZEMČÍK, P.; HEROUT, A.; SEEMAN, M.; PŘIBYL, B.; Vysoké učení technické v Brně: Zařízení pro digitální korekci obrazu. 21485, užitný vzor. Praha (2010)Detail
JURÁNEK, R.; ZEMČÍK, P.: StaticClassifierGenerator; Generator of Algebraic Expressions for Classification. http://www.fit.vutbr.cz/research/prod/index.php.cs?id=117¬itle=1. URL: http://www.fit.vutbr.cz/research/prod/index.php.cs?id=117¬itle=1. (software)Detail
SEEMAN, M.: VDAT; Volume data frequency analysis tool. https://www.fit.vut.cz/research/product/48/. URL: https://www.fit.vut.cz/research/product/48/. (software)Detail
SEEMAN, M.; PŘIBYL, B.; ZEMČÍK, P.: SeparableResampling; Separable Resampling. http://www.fit.vutbr.cz/research/prod. URL: http://www.fit.vutbr.cz/research/prod. (software)Detail
ŠTANCL, V.: IItFT; Images iterative filtering tool using deconvolutional approach. http://www.fit.vutbr.cz/research/prod/index.php?file=%2Fproduct%2F217%2Fiterative.zip&id=217¬itle=1Umístěno též na:http://sourceforge.net/projects/iterativef/. URL: https://www.fit.vut.cz/research/product/217/. (software)Detail
SEEMAN, M.; ZEMČÍK, P.: FBF; Fast Bilateral Filter. http://www.fit.vutbr.cz/research/prod. URL: http://www.fit.vutbr.cz/research/prod. (software)Detail