Course detail

Bioinformatics and Databases

FCH-MC_BIDAcad. year: 2023/2024

Not applicable.

Language of instruction

Czech

Number of ECTS credits

3

Mode of study

Not applicable.

Guarantor

prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.

Department

Institute of Food Science and Biotechnology (ÚCHPBT)

Entry knowledge

Not applicable.

Rules for evaluation and completion of the course

Not applicable.

Aims

Not applicable.

Study aids

Not applicable.

Prerequisites and corequisites

Not applicable.

Basic literature

Baxevanis A.D., Bader G., Wishart D., Bioinformatics, John Wiley & Sons, 2020 (CS)
Brown TA., Genomes 4, Garland Science, 2018 (CS)

Recommended reading

Brazda V., Bioinformatika – eLearningový kurz, 2020 (CS)

Elearning

eLearning: currently opened course

Classification of course in study plans

  • Programme NPCP_CHMA Master's

    specialization CHBL , 2 year of study, winter semester, compulsory-optional

  • Programme NPCP_PCHBT Master's 2 year of study, winter semester, compulsory-optional

Type of course unit

 

Lecture

13 hod., optionally

Teacher / Lecturer

prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.

Syllabus

Osnova (týdenní výuka) :
1. Úvod do bioinformatiky
2. Základy molekulární biologie z pohledu informatiky
3. Nástroje molekulární biologie
4. Databáze biologických dat – EMBL, DBJ, GenBank, Swiss-Prot, TrEMBL
5. Zarovnání sekvencí, dynamického programování, BLAST, FASTA
6. Evoluční modely
7. Konstrukce fylogenetických stromů
8. Sestavování fragmentů DNA
9. Genomika a rozpoznávání genů
10. Proteiny a predikce jejich struktury
11. Výpočet sekundární struktury RNA
12. Proteomika, regulační sítě
13. Polymorfizmus genů a diverzita

Guided consultation in combined form of studies

26 hod., optionally

Teacher / Lecturer

prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.

Exercise

13 hod., compulsory

Teacher / Lecturer

prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.

Elearning

eLearning: currently opened course