Course detail

Basic Principles of Proteomics

FCH-MC_ZPAcad. year: 2023/2024

Not applicable.

Language of instruction

Czech

Number of ECTS credits

4

Mode of study

Not applicable.

Entry knowledge

Not applicable.

Rules for evaluation and completion of the course

Not applicable.

Aims

Not applicable.

Study aids

Not applicable.

Prerequisites and corequisites

Not applicable.

Basic literature

Proteome Research: Mass Spectrometry, Ed. P. James, Springer, 2000, ISBN 3-540-67256-7 (EN)

Recommended reading

Not applicable.

Elearning

Classification of course in study plans

  • Programme NPCP_CHMA Master's

    specialization BF , 1 year of study, summer semester, compulsory-optional
    specialization CHBL , 1 year of study, summer semester, compulsory-optional

  • Programme CP_CZV_SP Lifelong learning 1 year of study, summer semester, compulsory-optional

Type of course unit

 

Lecture

26 hod., optionally

Teacher / Lecturer

Syllabus

Osnova výuky je uvedena dle týdenního členění (1 týden časová rezerva):
lekce 01 (týden 1) – Proteomika jako vědní disciplína a její náplň, základní pojmy, definice proteomu, vztah mezi genomikou a proteomikou.
lekce 02 (týden 2) – Základní proteomické přístupy. Differenční, strukturní a funkční proteomika
lekce 03-04 (týden 3-4) – Přehled metod a instrumentace v používaných proteomice, strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k~požadovanému výsledku experimentu)., separace a frakcionace komplexních proteinových směsí, metody charakterizace proteinů (zejména hmotnostní spektrometrie, proteinové čipy, WB aj.)
lekce 05-06 (týden 5-6) – Základní metody identifikace proteinů pomocí MS – základní přístupy (bottom-up, top-down), Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing)
lekce 07 (týden 7) – Charakterizace modifikací proteinů - Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Speciální frakcionační postupy, analýza vybraných druhů PTM (fosforylace, acetylace, ubikvitinace, glykosylace
lekce 08 (týden 8) – Kvantifikace v proteomice – Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ), cílená proteomika (MRM a SWATH metody.
lekce 09 (týden 9) – Bioinfornmatické vyhodnocení dat – Mw, pI, primární struktura, domény, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, práce s proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem).
lekce 10 (týden 10) – Praktické příklady aplikace proteomických přístupů – úloha proteomiky v základním výzkumu, diagnostika chorob, identifikace patogenů, biotechnologické aplikace.
lekce 11 (týden 11) – Praktická ukázka proteomické laboratoře – ukázka vybavení pro přípravu proteinových vzorků i instrumentace pro vlastní charakterizaci.
lekce 12 (týden 12) – Závěrečné shrnutí, diskuze se studenty o vybraných proteomických aplikacích.

Guided consultation in combined form of studies

26 hod., optionally

Teacher / Lecturer

Elearning