Author of thesis: Ing. Jakub Šalplachta
Acad. year: 2022/2023
Supervisor: prof. Ing. Jozef Kaiser, Ph.D.
Reviewers: Prof. Dr. Jozef Keckes, prof. Joost Batenburg
Abstract:The main aim of this thesis is to study, explore and possibly move further the field of quantitative computed tomography (QCT) with specific focus on a laboratory-based submicron computed tomography (CT) system Rigaku nano3DX. This work is dealing with both aspects of the QCT, which are the acquisition of quantitative CT data and the utilization of CT data for quantitative analysis. Regarding the first aspect, specific focus is placed on assessment of current technological limits of submicron CT, where the technology-based tomographic artifacts are studied, and optimal reduction strategies are proposed. Also, practical aspects related to implementation of spectral CT in a form of dual-target CT (DTCT) using Rigaku nano3DX system, are solved by development of dedicated acquisition and data registration methodologies. For the quantitative analysis of CT data, two novel methods were developed. One was specifically designed for porosity analysis of additive manufactured samples with a respect to the crucial points of tomographic data processing, making it objective and reproducible. Second method was specifically designed for quantitative assessment of 3D models of biological tubular systems and was practically tested on a mouse model of Alagille syndrome.
Quantitative Computed Tomography, QCT, CCD, sCMOS, tomographic artifacts reduction, dual-energy CT, porosity analysis, 3D models analysis
Date of defence
24.04.2023
Result of the defence
Defended (thesis was successfully defended)
Process of defence
Cílem disertační práce Ing. Šalplachty je prostudovat, prozkoumat a případně posunout dále oblast kvantitativní počítačové tomografie (QCT) se specifickým zaměřením na laboratorní submikronový CT systém Rigaku nano3DX. Práce se zabývá oběma aspekty QCT, kterými jsou akvizice kvantitativních CT dat a využití CT dat pro kvantitativní analýzu. Pro kvantitativní analýzu CT dat byly vyvinuty dvě nové metody. Jedna z metod byla speciálně navržena pro analýzu porozity vzorků vyrobených metodou 3D-tisku a to s ohledem na klíčové aspekty zpracování tomografických dat, díky čemuž je tato metoda objektivní a reprodukovatelná. Druhá metoda byla speciálně navržena pro kvantitativní hodnocení 3D modelů biologických tubulárních systémů a byla prakticky testována na myším modelu Alagilleova syndromu. Práce je aktuální a splňuje dva hlavní cíle. Za prvé, pro každý z kroků v procesu zobrazování jsou uvedeny nápady a metody, jak tyto kroky učinit kvantitativními, s konkrétními mírami chyb. Za druhé je tento přístup implementován a podrobně sledován pro systém Rigaku Nano3X. Klíčovým významem práce v této práci jsou její praktické implikace při dodržování a implementaci metodiky pro širokou škálu skenerů. Student významně přispěl k oblasti tomografického zobrazování, vyvinul a analyzoval různé kroky potřebné k tomu, aby bylo CT kvantitativnější, se zvláštním zaměřením na konkrétní implementaci v systému Rigaku Nano3DX. V průběhu obhajoby student prokázal výbornou orientaci ve zkoumané problematice a samostatnost vědecky pracovat. Na dotazy oponentů a členů komise odpověděl výborně.
Language of thesis
English
Faculty
Department
Study programme
Advanced Materials and Nanosciences (STIAMN)
Field of study
Advanced nanotechnologies and microtechnologies (PNTMT)
Composition of Committee
Prof. Daniel Lacour (člen)
Prof. Alexandra Mougin (člen)
Prof. Julian Carrey (člen)
Dr. Aleš Hrabec (člen)
Prof. Elsa Lhotel (člen)
Dr. Laurent Ranno (člen)
prof. Ing. Radimír Vrba, CSc. (člen)
M.Sc. Jon Ander Arregi Uribeetxebarria, Ph.D. (člen)
Prof. Elsa Lhotel (předseda)
Supervisor’s report
prof. Ing. Jozef Kaiser, Ph.D.
| File inserted by supervisor | Size |
|---|---|
| Posudek vedoucího práce [.pdf] | 90,80 kB |
Reviewer’s report
Prof. Dr. Jozef Keckes
| File inserted by the reviewer | Size |
|---|---|
| Posudek oponenta [.pdf] | 469,67 kB |
Reviewer’s report
prof. Joost Batenburg
| File inserted by the reviewer | Size |
|---|---|
| Posudek oponenta [.pdf] | 123,50 kB |