Detail předmětu

Laboratory Classes in Molecular Biotechnology

FCH-MAO_MOB_PAk. rok: 2012/2013

Bezpečnost práce v mikrobiologické a biotechnologické laboratoři. Upořádání PCR laboratoře. Příprava kultury buněk Lactobacillus gasseri pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Srážení DNA ethanolem. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA Lactobacillus gasseri s použitím purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Výpočet délky amplifikovaného fragmentu pomocí externích standardů. Stanovení citlivosti PCR. Izolace celkové DNA z mléčného výrobku (jogurtu) pomocí magnetických částic. Identifikace DNA Lactobacillus v mléčném výrobku (jogurtu) pomocí PCR v reálném čase. Testování produkce antimikrobiálních látek u probiotického kmene Lactobacillus gasseri pomocí kultivačních a molekulárně biologických technik. Test.

Jazyk výuky

angličtina

Počet kreditů

3

Garant předmětu

doc. RNDr. Alena Španová, CSc.

Zajišťuje ústav

Ústav chemie potravin a biotechnologií (ÚCHPBT)

Nabízen zahraničním studentům

Všech fakult

Výsledky učení předmětu

Praktické znalosti základních metod používaných při analýze DNA

Prerekvizity

Je nutné souběžně si zapsat předmět Bioanalytické metody.

Plánované vzdělávací činnosti a výukové metody

Metody vyučování závisejí na způsobu výuky a jsou popsány článkem 7 Studijního a zkušebního řádu VUT.

Způsob a kritéria hodnocení

Praktikum je ukončeno zápočtem - identifikace BMK pomocí PCR

Osnovy výuky

1.Uspořádání PCR laboratoře. Bezpečnost práce. Pipetování malých objemů. 2. Příprava probiotické kultury buněk Lactobacillus pro izolaci bakteriální DNA. Ověření čistoty bakteriální kultury. 3. Lyze buněk a příprava hrubého lyzátu. 4. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Srážení DNA ethanolem. 5. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. 6. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. 7. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA Lactobacillus s použitím purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. 8.Provedení PCR reakce. 9. Detekce PCR produktů pomocí gelové elektroforézy na agaróze. 10.Výpočet délky amplifikovaného fragmentu pomocí externích standardů a programu Bionumerics. 11.Izolace celkové DNA z mléčného výrobku (probiotického nápoje) metodou magnetické separace za využití magnetických částic P (HEMA-co-GMA). Stanovení citlivosti DNA. 12. Identifikace a kvantifikace DNA Lactobacillus v mléčném výrobku (probiotický nápoj) pomocí RT-PCR. 13. Závěrečný test.

Učební cíle

Součástí praktika je praktické zvládnutí základních technik analýzy DNA

Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění a formy nahrazování zameškané výuky

Účast v praktiku je povinná.

Základní literatura

Sambrook F., Russell R. W.: Molecular Cloning. A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001. (EN)

Zařazení předmětu ve studijních plánech

  • Program NPCP_CHM_INT magisterský navazující

    obor NPCO_CHM , 1 ročník, zimní semestr, volitelný

  • Program CKCP_CZV celoživotní vzdělávání (není studentem)

    obor CKCO_CZV , 1 ročník, zimní semestr, povinně volitelný

Typ (způsob) výuky

 

Laboratorní cvičení

26 hod., povinná

Vyučující / Lektor

doc. RNDr. Alena Španová, CSc.