čeština

Absolvováním předmětu by posluchači měli získat podrobný přehled v oblasti pokročilých bioinformatických metod. Budou znát principy metod pro reprezentaci, rekonstrukci a vyhledávání genomických a proteomických sekvencí. Dále získají přehled o aktuálním stavu vědy v těchto oblastech včetně aplikací.

Základy molekulární biologie. Základy bioinformatiky a zpracování biologických sekvencí.

Metody vyučování zahrnují přednášky, cvičení na počítači a laboratoře. Předmět využívá e-learning (Moodle). Student odevzdává jeden samostatný projekt.

Hodnocení předmětu je každoročně aktualizováno vyhláškou garanta.

1. Principy reprezentace genomických dat.
2. Deterministické vyjádření sekvencí v prostoru.
3. Teorie fraktálů v reprezentaci sekvencí.
4. Deterministické modely evoluce sekvencí.
5. Pravděpodobnostní modely evoluce sekvencí.
6. Pokročilé principy fylogenetiky.
7. Metody konstrukce rozsáhlých fylogenetických stromů.
8. Kvalita ve fylogenetice.
9. Principy reprezentace proteomických dat.
10. Pokročilé kódování proteomických dat.
11. Vyhledávání motivů v genomických a proteomických sekvencích.

Cílem předmětu je poskytnout přehled o aktuálních tématech v oblasti zpracování biologických sekvencí se zaměřením na determnistické a pravděpodobnostní metody.

Higgs, P. G., Attwood, T. K. Bioinformatics and Molecular Evolution. Blackwell Publishing, 2005.
Mandoiu, I. I., Zelikovski, A. Bioinformatics Algorithms. A John Wiley Publishing, 2008.
Snustad, D. P., Simmons, M. J. Genetika. Nakladatelství Masarykovy univerzity, Brno, 2009.
Yang, Z. Computational Molecular Evolution. Oxford University Press, 2006.