čeština

Absolvent předmětu je schopen:
- vzdáleně pracovat s výkonnými výpočetními severy a plánovači úloh
- vytvářet si vlastní výpočetní pipeline pomocí shell skriptů
- provést čištění surových sekvenačních dat z různých platforem sekvenování
- skládat genomy de novo nebo podle reference
- odvodit jednobodové polymorfismy mezi různými genomy
- provádět transkriptomické analýzy na celogenomové škále

Student, který si zapíše tento předmět by měl znát základy bioinformatiky, genomiky a transkriptomiky. Měl by se teoreticky orientovat v základních sekvenačních platformách a umět prakticky používat základní datové formáty pro bioinformatiku. Obecně jsou požadovány znalosti na úrovni bakalářského studia. 

Metody vyučování zahrnují  cvičení na počítači. Předmět využívá e-learning (Moodle). 

Klasifikovaný zápočet formou reportu ze zadaných úkolů během semestru. Získat lze až 100 bodů. Pro úspěšné absolvování předmětu je nutné dosáhnout nejméně 50 bodů.

1. Příkazový řádek, Unix a shell skript v bioinformatice. Sekvenační data, zhodnocení jejich kvality.
2. Identifikace kontaminací a de novo skládání genomu.
3. Refereční skládání genomu a identifikace variant.
4. Anotace genomu.
5. Předzpracování a mapování transktriptomů.
6. Kvantifikace transkriptomických sekvenačních dat.

Cílem předmětu je poskytnout studentům praktické znalosti při zpracování objemných sekvenačních dat za účelem skládání genomů, identifikace genomových variant a kvantitativních transriptomických analýz. To vše při využití gridových výpočtů a vzdálenému přístupu k výkoným výpočetním serverům.

Cvičení na počítači nejsou povinná. Jediná povinnost je odevzdat závěrečný report.

Compeau F., Pevzner P.: Bioinformatics Algorithms. Active Learning Publishers, 2015. (CS)
MacLean, D. R Bioinformatics Cookbook. Use R and Bioconductor to perform RNAseq, genomics, data visualization, and bioinformatic analysis. Packt Publishing, 2019. ISBN 978-1789950694 (EN)
Moorhouse M, Barry P: Bioinformatics Biocomputing and Perl: An Introduction to Bioinformatics Computing Skills and Practice. Wiley; 1 edition, 2004. (EN)
Ohlebusch E.: Bioinformatics Algorithms. Oldenbusch Verlag, 2013. (CS)