Detail předmětu
Bioinformatika
FEKT-BPC-BINAk. rok: 2024/2025
Předmět je věnován principům bioinformatické práce s biologickými sekvencemi. Je orientován na získání znalostí o biologických databázích, jejich struktuře a možnostech použití. Zaměřuje se na studium informatických metod využitelných v analýze sekvencí z biologických databází včetně DNA a dále na studium obsahu pojmů genomika a proteomika. Praktické zkušenosti získají studenti s programovacím jazykem Python, který bude využit pro návrh algoritmů akvizice a zpracování biologických sekvencí.
Jazyk výuky
Počet kreditů
Garant předmětu
Zajišťuje ústav
Vstupní znalosti
Pravidla hodnocení a ukončení předmětu
až 60 bodů za písemnou zkoušku
Zkouška je zaměřena na ověření orientace v základních pojmech bioinformatiky, schopnosti navrhnout způsob analýzy sekvencí, prakticky provést operace se sekvencemi.
Počítačová cvičení jsou povinná. Omluvit lze nejvýše jednu neúčast na cvičeních; podmínkou omluvy je pouze potvrzená pracovní neschopnost nebo podobně vážný důvod; uznání účasti ve cvičení je podmíněno tím, že student do něj přichází připraven se znalostí dosud odpřednášené látky.
Učební cíle
Absolvent předmětu je schopen:
- získávat informace z biologických databází,
- vysvětlit základní pojmy bioinformatiky,
- popsat principy základních metod analýzy sekvencí z biologických databází,
- diskutovat výhody a nevýhody jednotlivých metod,
- na základě definovaných požadavků navrhnout vlastní metody analýzy sekvencí.
Základní literatura
PEVSNER, Jonathan, 2015. Bioinformatics and functional genomics. Third edition. Chichester: Wiley-Blackwell. ISBN 978-1-118-58178-0 (EN)
Elearning
Zařazení předmětu ve studijních plánech
- Program BPC-BTB bakalářský 2 ročník, letní semestr, povinný
Typ (způsob) výuky
Přednáška
Vyučující / Lektor
Osnova
2. Datové formáty využívající se v bioinformatice
3. Základy sekvenace
4. Základy dynamického programování
5. Algoritmy zarovnávání biologických sekvencí 1
6. Mutace a substituční matice
7. BLAST a zarovnávání více sekvencí
8 Fylogenetika a fylogenetické stromy, konstrukce fylogenetických stromů
9. Numerické reprezentace
10. Predikce proteinových struktur.
Cvičení na počítači
Vyučující / Lektor
Osnova
2. Datové formáty v bioinformatice
3. Práce se sekvenačními daty
4. LCS a editační vzdálenost
5. Globální zarovnávání sekvencí
6. Lokální zarovnávání sekvencí
7. Skórovací a substituční matice
8. Vícenásobné zarovnávání sekvencí, BLAST
9. Numerické reprezentace
10. Signálové zpracování bioinformatických dat
11. Predikce proteinových struktur
12. Konstrukce fylogenetických stromů
Elearning