Detail předmětu

Praktika z bioinformatiky

FEKT-APBIAk. rok: 2009/2010

Bioinformatika a vazba na další vědní obory. Bioinformatická data, dostupné databáze, základní operace s daty. Genomové sekvence organismů. Základní operace s genomovými sekvencemi. Speciální funkce knihovny Bioinformatics programového prostředku Matlab. Nelineární metody zpracování biosignálů, metoda dynamického borcení času, skryté Markovovy modely. Využití nelineárních metod ve shlukové analýze, klasifikačních úlohách. Statistické vyhodnocení klasifikačních postupů.

Jazyk výuky

čeština

Počet kreditů

4

Garant předmětu

doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D.

Zajišťuje ústav

Ústav biomedicínského inženýrství (UBMI)

Výsledky učení předmětu

Studenti získají přehled o hlavních úlohách oboru bioinformatiky. Zvládnutí základních analýz bioinformatických dat získaných z dostupných databází v programovém prostředí Matlab s využitím speciálních funkcí.

Prerekvizity

Znalosti získané v předchozích semestrech.

Plánované vzdělávací činnosti a výukové metody

Metody vyučování závisejí na způsobu výuky a jsou popsány článkem 7 Studijního a zkušebního řádu VUT.

Způsob a kritéria hodnocení

Podmínky pro úspěšné ukončení předmětu stanoví každoročně aktualizovaná vyhláška garanta předmětu.

Osnovy výuky

Základní pojmy bioinformatiky. Databáze GenBank, OMIM, USDA aj. Sekvence, fragmenty. Metody porovnávání a zarovnávání, metody třídění.

Učební cíle

Seznámení se základními pojmy a vybranými úlohami oboru bioinformatiky

Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění a formy nahrazování zameškané výuky

Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění stanoví každoročně aktualizovaná vyhláška garanta předmětu.

Základní literatura

Cvrčková F: Úvod do praktické bioinformatiky, Academia, 2006 (CS)

Zařazení předmětu ve studijních plánech

  • Program BTBIO-A bakalářský

    obor A-BTB , 3. ročník, letní semestr, volitelný oborový

  • Program EEKR-CZV celoživotní vzdělávání (není studentem)

    obor ET-CZV , 1. ročník, letní semestr, volitelný oborový

Typ (způsob) výuky

 

Cvičení na počítači

39 hod., povinná

Vyučující / Lektor

doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D.
Ing. Denisa Maděránková, Ph.D.

Osnova

1. Bioinformatická data. Genomové sekvence organismů. Veřejně dostupné databáze. Načítání, zobrazování dat v Matlabu. Přehled základních úloh bioinformatiky řešené v programovém prostředí Matlab.
2. Numerické mapování a grafická reprezentace.
3. Bar coding - COI sekvence.
4. Globální zarovnávání sekvencí.
5. Lokální zarovnávání sekvencí.
6. Fylogenetické stromy.
7. Fourierova tranformace a spektrogramy sekvencí.
8. Shluková analýza.
9. Analýza vybraných sekvencí - samostatná práce.
10. Analýza vybraných sekvencí - samostatná práce.
11. Prezentace samostatných prací.
12. Prezentace samostatných prací.
13. Náhradní cvičení.

Ostatní aktivity

13 hod., povinná

Vyučující / Lektor

doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D.

Osnova

Praktická cvičení jsou zaměřena na zpracování bioinformatických dat pomocí programového prosředku Matlab. Cílem samostatné přípravy je nastudování speciálních funkcí knihovny Bioinformatics pro následné použití v počítačových cvičeních.