Přístupnostní navigace
E-přihláška
Vyhledávání Vyhledat Zavřít
Detail publikace
KUPKOVÁ, K.
Originální název
Alignment - free Visualization of Metagenomic Data by Genomic Signal Processing
Typ
článek ve sborníku ve WoS nebo Scopus
Jazyk
angličtina
Originální abstrakt
Alignment-free visualization of metagenomic data without prior knowledge about organism composition is one of the major issues in metagenomic bioinformatics. Such a visualization method must place fragments from one organism in close proximity to each other, be reproducible and with rapidly increasing amount of data also work ideally in linear time. A novel technique fulfilling all of these requirements is introduced in this paper. The method is based on transformation of genomic sequence into phase signal representation with extraction of three Hjorth’s descriptors forming three dimensional space for visualization.
Klíčová slova
metagenome; numerical representation; visualization; Hjorth’s descriptors
Autoři
Vydáno
28. 4. 2016
Nakladatel
Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních
Místo
Brno
ISBN
978-80-214-5350-0
Kniha
Proceedings of the 22nd Conference STUDENT EEICT 2016
Strany od
247
Strany do
249
Strany počet
3
BibTex
@inproceedings{BUT124580, author="Kristýna {Kupková}", title="Alignment - free Visualization of Metagenomic Data by Genomic Signal Processing", booktitle="Proceedings of the 22nd Conference STUDENT EEICT 2016", year="2016", pages="247--249", publisher="Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních", address="Brno", isbn="978-80-214-5350-0" }