Přístupnostní navigace
E-přihláška
Vyhledávání Vyhledat Zavřít
Detail publikace
NYKRÝNOVÁ, M. BARTOŇ, V. BEZDÍČEK, M. LENGEROVÁ, M. ŠKUTKOVÁ, H.
Originální název
Detection of Highly Variable Genome Fragments in Unmapped Reads of Escherichia coli Genomes
Typ
článek ve sborníku ve WoS nebo Scopus
Jazyk
angličtina
Originální abstrakt
Whole-genome sequencing becomes a powerful tool in the study of closely related bacterial population as a single nucleotides changes can be detected. However, the postprocessing of obtained data still remains problematic. Reference-based assembly of genomes only allows identification of shared parts of genomes. Here, we show a pipeline for de novo assembly of unmapped reads and locating variable regions in it. Identified regions can be used as new markers for bacterial genotyping.
Klíčová slova
genome assembly; unmapped reads; genotyping
Autoři
NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H.
Vydáno
6. 5. 2020
ISBN
978-3-030-45384-8
Kniha
Bioinformatics and Biomedical Engineering
ISSN
0302-9743
Periodikum
Lecture Notes in Computer Science
Stát
Spolková republika Německo
Strany od
569
Strany do
578
Strany počet
10
BibTex
@inproceedings{BUT163867, author="Markéta {Jakubíčková} and Vojtěch {Bartoň} and Matěj {Bezdíček} and Martina {Lengerová} and Helena {Vítková}", title="Detection of Highly Variable Genome Fragments in Unmapped Reads of Escherichia coli Genomes", booktitle="Bioinformatics and Biomedical Engineering", year="2020", journal="Lecture Notes in Computer Science", pages="569--578", doi="10.1007/978-3-030-45385-5\{_}51", isbn="978-3-030-45384-8", issn="0302-9743" }