Přístupnostní navigace
E-application
Search Search Close
Project detail
Duration: 01.03.2016 — 28.02.2017
Funding resources
Brno University of Technology - Vnitřní projekty VUT
- whole funder (2016-01-01 - 2017-12-31)
On the project
Správná identifikace a vizualizace naměřených dat tvoří jeden z klíčových problémů metagenomiky. Současná bioinformatická řešení strádají obvykle kvadratickou a vyšší časovou složitostí, která komplikuje zpracování velkých datových sad. Cílem projektu je vytvoření komplexní automatizované metodiky pro identifikaci sekvencí ze shotgun sekvenace celých metagenomů založené na shlukování sekvencí s lineární časovou náročností, bez využití zarovnávání sekvencí a následné možnosti vizualizace identifikovaných sekvencí.
Mark
FEKT/FIT-J-16-3335
Default language
Czech
People responsible
Hon Jiří, Ing., Ph.D. - fellow researcherProvazník Valentine, prof. Ing., Ph.D. - fellow researcherZendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. - fellow researcherSedlář Karel, doc. Mgr. Ing., Ph.D. - principal person responsible
Units
Department of Biomedical Engineering- (2016-01-01 - 2016-12-31)Department of Information Systems- (2016-01-01 - 2016-12-31)Faculty of Information Technology- (2016-01-01 - 2016-12-31)Faculty of Electrical Engineering and Communication- (2016-01-01 - 2016-12-31)
Results
KUPKOVÁ, K. Alignment - free Visualization of Metagenomic Data by Genomic Signal Processing. In Proceedings of the 22nd Conference STUDENT EEICT 2016. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních, 2016. p. 247-249. ISBN: 978-80-214-5350-0.Detail
SEDLÁŘ, K. Signal Based Feature Selection for Fast Classification of Sequences in Metagenomics. In Proceedings of the 22nd Conference STUDENT EEICT 2016. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních, 2016. p. 558-562. ISBN: 978-80-214-5350-0.Detail
SEDLÁŘ, K.; KOLEK, J.; PATÁKOVÁ, P.; PROVAZNÍK, I. Taxonomy and Phylogeny of Industrial Solvent-Producing Clostridia on a Genome-Wide Scale. 4. mezinárodní chemicko-technologická konference SBORNÍK ABSTRAKT A PLNÝCH TEXTŮ. Mikulov: 2016. p. 1 (1 s.). ISBN: 978-80-86238-91-3.Detail
SEDLÁŘ, K.; VÍDEŇSKÁ, P.; ŠKUTKOVÁ, H.; RYCHLÍK, I.; PROVAZNÍK, I. Bipartite Graphs for Visualization Analysis of Microbiome Data. EVOLUTIONARY BIOINFORMATICS, 2016, vol. 12, no. S1, p. 17-23. ISSN: 1176-9343.Detail
SEDLÁŘ, K.; KUPKOVÁ, K.; PROVAZNÍK, I. Rychlá deterministická vizualizace shotgun metagenomických dat. Konferenční sborník ENBIK2016. 1. 2016. s. 11-11. ISBN: 978-80-7080-960-0.Detail
SEDLÁŘ, K.; KUPKOVÁ, K.; PROVAZNÍK, I. Bioinformatics strategies for taxonomy independent binning and visualization of sequences in shotgun metagenomics. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2016, vol. 15, no. 1, p. 48-55. ISSN: 2001-0370.Detail
HON, J.; KUPKOVÁ, K.; SEDLÁŘ, K.: sigbin; sigbin: an R/Bioconductor package for signal-based DNA sequence binning. http://www.stud.fit.vutbr.cz/~xhonji01/sigbin/sigbin_0.99.1.tar.gz. URL: http://www.stud.fit.vutbr.cz/~xhonji01/sigbin/sigbin_0.99.1.tar.gz. (software)Detail