Správná identifikace a vizualizace naměřených dat tvoří jeden z klíčových problémů metagenomiky. Současná bioinformatická řešení strádají obvykle kvadratickou a vyšší časovou složitostí, která komplikuje zpracování velkých datových sad. Cílem projektu je vytvoření komplexní automatizované metodiky pro identifikaci sekvencí ze shotgun sekvenace celých metagenomů založené na shlukování sekvencí s lineární časovou náročností, bez využití zarovnávání sekvencí a následné možnosti vizualizace identifikovaných sekvencí.

FEKT/FIT-J-16-3335

čeština

Sedlář Karel, doc. Mgr. Ing., Ph.D. - hlavní řešitel
Hon Jiří, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Provazník Valentýna, prof. Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. - spoluřešitel

Ústav biomedicínského inženýrství
- odpovědné pracoviště (1.1.1989 - nezadáno)
Fakulta informačních technologií
- interní (1.1.2016 - 31.12.2016)
Ústav biomedicínského inženýrství
- interní (1.1.2016 - 31.12.2016)
Ústav informačních systémů
- interní (1.1.2016 - 31.12.2016)
Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
- příjemce (1.1.2016 - 31.12.2016)

HON, J.; KUPKOVÁ, K.; SEDLÁŘ, K.: sigbin; sigbin: an R/Bioconductor package for signal-based DNA sequence binning. http://www.stud.fit.vutbr.cz/~xhonji01/sigbin/sigbin_0.99.1.tar.gz. URL: http://www.stud.fit.vutbr.cz/~xhonji01/sigbin/sigbin_0.99.1.tar.gz. (software)
Detail

SEDLÁŘ, K.; KUPKOVÁ, K.; PROVAZNÍK, I. Bioinformatics strategies for taxonomy independent binning and visualization of sequences in shotgun metagenomics. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2016, vol. 15, no. 1, p. 48-55. ISSN: 2001-0370.
Detail

SEDLÁŘ, K.; KUPKOVÁ, K.; PROVAZNÍK, I. Rychlá deterministická vizualizace shotgun metagenomických dat. Konferenční sborník ENBIK2016. 1. 2016. s. 11-11. ISBN: 978-80-7080-960-0.
Detail

SEDLÁŘ, K.; VÍDEŇSKÁ, P.; ŠKUTKOVÁ, H.; RYCHLÍK, I.; PROVAZNÍK, I. Bipartite Graphs for Visualization Analysis of Microbiome Data. EVOLUTIONARY BIOINFORMATICS, 2016, vol. 12, no. S1, p. 17-23. ISSN: 1176-9343.
Detail

SEDLÁŘ, K.; KOLEK, J.; PATÁKOVÁ, P.; PROVAZNÍK, I. Taxonomy and Phylogeny of Industrial Solvent-Producing Clostridia on a Genome-Wide Scale. 4. mezinárodní chemicko-technologická konference SBORNÍK ABSTRAKT A PLNÝCH TEXTŮ. Mikulov: 2016. p. 1 (1 s.). ISBN: 978-80-86238-91-3.
Detail

SEDLÁŘ, K. Signal Based Feature Selection for Fast Classification of Sequences in Metagenomics. In Proceedings of the 22nd Conference STUDENT EEICT 2016. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních, 2016. p. 558-562. ISBN: 978-80-214-5350-0.
Detail

KUPKOVÁ, K. Alignment - free Visualization of Metagenomic Data by Genomic Signal Processing. In Proceedings of the 22nd Conference STUDENT EEICT 2016. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních, 2016. p. 247-249. ISBN: 978-80-214-5350-0.
Detail

Odpovědnost: Sedlář Karel, doc. Mgr. Ing., Ph.D.