Project detail
Metody zpracování a vizualizace dat nanopórové sekvenace pro účely metagenomiky
Duration: 1.3.2017 — 28.2.2018
Funding resources
Vysoké učení technické v Brně - Vnitřní projekty VUT
On the project
Sekvenování pomocí nanopórových technologií a jejich použití v praxi se postupně stává běžnou realitou. Jejich potenciálu plného využití na poli metagenomiky ovšem zabraňuje nedostatek dostupných bioinformatických nástrojů. Cílem je vytvoření komplexní automatizované metodiky pro taxonomickou identifikaci sekvencí získaných nanopórovým sekvenováním metagenomických vzorků. Projekt bude prvním svého druhu pro klasifikaci metagenomických dat přímo ze signálových sekvencí bez nutnosti prvotního převedení na klasický znakový řetězec DNA.
Mark
FEKT/FIT-J-17-4579
Default language
Czech
People responsible
Kupková Kristýna, Ing. - principal person responsible
Hon Jiří, Ing., Ph.D. - fellow researcher
Provazník Valentýna, prof. Ing., Ph.D. - fellow researcher
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. - fellow researcher
Units
Department of Biomedical Engineering
- internal (1.1.2017 - 31.12.2017)
Department of Information Systems
- internal (1.1.2017 - 31.12.2017)
Faculty of Information Technology
- internal (1.1.2017 - 31.12.2017)
Faculty of Electrical Engineering and Communication
- beneficiary (1.1.2017 - 31.12.2017)
Results
BUCHMAN, J.; ZILE, K.; GLICKMAN, C.; KUPKOVÁ, K.; WALDMAN, J.; ELLISON, M.; CANTALUPO, P.; BUSBY, B. Automated Detection of Endogenous Viral Elements in Host Genomes. San Diego, CA: 2018. p. 1 (1 s.).
Detail
ZILE, K.; KUPKOVÁ, K.; CANTALUPO, P.; ELLISON, M.; WALDMAN, J.; GLICKMAN, C.; BUSBY, B.: ViruSpy; ViruSpy: a pipeline for viral identification from metagenomic samples. https://github.com/NCBI-Hackathons/ViruSpy. URL: https://github.com/NCBI-Hackathons/ViruSpy. (software)
Detail
KUPKOVÁ, K.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I. Reference-free Identification of Phage DNA Using Signal Processing on Nanopore Data. In 2017 IEEE 17th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2017. Washington DC: Conference Publishing Services, 2017. p. 101-105. ISBN: 978-1-5386-1324-5.
Detail
KUPKOVÁ, K.; PROVAZNÍK, I.; SEDLÁŘ, K.; HON, J.; MARTÍNEK, T.; ZENDULKA, J. Visualization of Nanopore Sequencing Data in Metagenomics. Praha: 2017. p. 1 (1 s.).
Detail
KUPKOVÁ, K. Signal Based Processing of Metagenomic Data from Nanopore Sequencing. In Proceedings of the 23rd Conference STUDENT EEICT 2017. Brno: 2017. p. 324-328. ISBN: 978-80-214-5496-5.
Detail
Responsibility: Kupková Kristýna, Ing.