Project detail

Metody zpracování a vizualizace dat nanopórové sekvenace pro účely metagenomiky

Duration: 01.03.2017 — 28.02.2018

Funding resources

Brno University of Technology - Vnitřní projekty VUT

- whole funder (2017-01-01 - 2018-12-31)

On the project

Sekvenování pomocí nanopórových technologií a jejich použití v praxi se postupně stává běžnou realitou. Jejich potenciálu plného využití na poli metagenomiky ovšem zabraňuje nedostatek dostupných bioinformatických nástrojů. Cílem je vytvoření komplexní automatizované metodiky pro taxonomickou identifikaci sekvencí získaných nanopórovým sekvenováním metagenomických vzorků. Projekt bude prvním svého druhu pro klasifikaci metagenomických dat přímo ze signálových sekvencí bez nutnosti prvotního převedení na klasický znakový řetězec DNA.

Mark

FEKT/FIT-J-17-4579

Default language

Czech

People responsible

Hon Jiří, Ing., Ph.D. - fellow researcher
Provazník Valentine, prof. Ing., Ph.D. - fellow researcher
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. - fellow researcher
Kupková Kristýna, Ing. - principal person responsible

Units

Department of Biomedical Engineering
- internal (2017-01-01 - 2017-12-31)
Department of Information Systems
- internal (2017-01-01 - 2017-12-31)
Faculty of Information Technology
- internal (2017-01-01 - 2017-12-31)
Faculty of Electrical Engineering and Communication
- beneficiary (2017-01-01 - 2017-12-31)

Results

KUPKOVÁ, K. Signal Based Processing of Metagenomic Data from Nanopore Sequencing. In Proceedings of the 23rd Conference STUDENT EEICT 2017. Brno: 2017. p. 324-328. ISBN: 978-80-214-5496-5.
Detail

KUPKOVÁ, K.; PROVAZNÍK, I.; SEDLÁŘ, K.; HON, J.; MARTÍNEK, T.; ZENDULKA, J. Visualization of Nanopore Sequencing Data in Metagenomics. Praha: 2017. p. 1 (1 s.).
Detail

BUCHMAN, J.; ZILE, K.; GLICKMAN, C.; KUPKOVÁ, K.; WALDMAN, J.; ELLISON, M.; CANTALUPO, P.; BUSBY, B. Automated Detection of Endogenous Viral Elements in Host Genomes. San Diego, CA: 2018. p. 1 (1 s.).
Detail

KUPKOVÁ, K.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I. Reference-free Identification of Phage DNA Using Signal Processing on Nanopore Data. In 2017 IEEE 17th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2017. Washington DC: Conference Publishing Services, 2017. p. 101-105. ISBN: 978-1-5386-1324-5.
Detail

ZILE, K.; KUPKOVÁ, K.; CANTALUPO, P.; ELLISON, M.; WALDMAN, J.; GLICKMAN, C.; BUSBY, B.: ViruSpy; ViruSpy: a pipeline for viral identification from metagenomic samples. https://github.com/NCBI-Hackathons/ViruSpy. URL: https://github.com/NCBI-Hackathons/ViruSpy. (software)
Detail

Responsibility: Kupková Kristýna, Ing.