Publication detail

Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA

MADĚRÁNKOVÁ, D. PROVAZNÍK, I.

Original Title

Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA

English Title

Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA

Type

conference paper

Language

Czech

Original Abstract

Přesná, rychlá a levná identifikace organismů je stále nedostupná. Kvalifikovaných taxonomů je málo a jsou úzce specializovaní. Pro svoji práci potřebují pokud možno celý organismu. O identifikaci organismu jen z drobného tkáňového vzorku se snaží molekulární biologové. DNA barcoding je iniciativa zahrnující sběr, uchovávání a zpracování sekvencí mitochondriálních genů vhodných pro identifikaci organismů. Pro živočichy se jako nejvhodnější jeví část genu cytochrom c oxidázy podjednotky 1. K identifikaci standardně používané fylogenetické či statistické metody nedávají vždy uspokojivé výsledky. Námi navržená metoda založená na porovnání nukleotidových denzit zkoumané sekvence s referenčními sekvencemi byla otestována na souboru dat různých skupin organismů, jako jsou ryby, obojživelníci, ptáci i savci. V drtivé většině případů bylo dosaženo 100,0 % účinnosti klasifikace do referenčních druhů, a pokud analyzovaná sekvence nepatřila k druhům obsaženým v referenční databázi, byla s vysokou pravděpodobností zařazena k nejbližšímu příbuznému druhu.

English abstract

Přesná, rychlá a levná identifikace organismů je stále nedostupná. Kvalifikovaných taxonomů je málo a jsou úzce specializovaní. Pro svoji práci potřebují pokud možno celý organismu. O identifikaci organismu jen z drobného tkáňového vzorku se snaží molekulární biologové. DNA barcoding je iniciativa zahrnující sběr, uchovávání a zpracování sekvencí mitochondriálních genů vhodných pro identifikaci organismů. Pro živočichy se jako nejvhodnější jeví část genu cytochrom c oxidázy podjednotky 1. K identifikaci standardně používané fylogenetické či statistické metody nedávají vždy uspokojivé výsledky. Námi navržená metoda založená na porovnání nukleotidových denzit zkoumané sekvence s referenčními sekvencemi byla otestována na souboru dat různých skupin organismů, jako jsou ryby, obojživelníci, ptáci i savci. V drtivé většině případů bylo dosaženo 100,0 % účinnosti klasifikace do referenčních druhů, a pokud analyzovaná sekvence nepatřila k druhům obsaženým v referenční databázi, byla s vysokou pravděpodobností zařazena k nejbližšímu příbuznému druhu.

Keywords

Molekulární fylogenetika, identifikace organismů, nukleotidová denzita

Key words in English

Molekulární fylogenetika, identifikace organismů, nukleotidová denzita

Authors

MADĚRÁNKOVÁ, D.; PROVAZNÍK, I.

RIV year

2013

Released

3. 7. 2013

ISBN

978-80-8086-208-4

Book

Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2013

Pages from

1

Pages to

3

Pages count

3

BibTex

@inproceedings{BUT102049,
  author="Denisa {Maděránková} and Valentine {Provazník}",
  title="Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA",
  booktitle="Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2013",
  year="2013",
  pages="1--3",
  isbn="978-80-8086-208-4"
}