Detail publikace

Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA

MADĚRÁNKOVÁ, D. PROVAZNÍK, I.

Originální název

Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA

Anglický název

Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA

Typ

článek ve sborníku ve WoS nebo Scopus

Jazyk

čeština

Originální abstrakt

Přesná, rychlá a levná identifikace organismů je stále nedostupná. Kvalifikovaných taxonomů je málo a jsou úzce specializovaní. Pro svoji práci potřebují pokud možno celý organismu. O identifikaci organismu jen z drobného tkáňového vzorku se snaží molekulární biologové. DNA barcoding je iniciativa zahrnující sběr, uchovávání a zpracování sekvencí mitochondriálních genů vhodných pro identifikaci organismů. Pro živočichy se jako nejvhodnější jeví část genu cytochrom c oxidázy podjednotky 1. K identifikaci standardně používané fylogenetické či statistické metody nedávají vždy uspokojivé výsledky. Námi navržená metoda založená na porovnání nukleotidových denzit zkoumané sekvence s referenčními sekvencemi byla otestována na souboru dat různých skupin organismů, jako jsou ryby, obojživelníci, ptáci i savci. V drtivé většině případů bylo dosaženo 100,0 % účinnosti klasifikace do referenčních druhů, a pokud analyzovaná sekvence nepatřila k druhům obsaženým v referenční databázi, byla s vysokou pravděpodobností zařazena k nejbližšímu příbuznému druhu.

Anglický abstrakt

Přesná, rychlá a levná identifikace organismů je stále nedostupná. Kvalifikovaných taxonomů je málo a jsou úzce specializovaní. Pro svoji práci potřebují pokud možno celý organismu. O identifikaci organismu jen z drobného tkáňového vzorku se snaží molekulární biologové. DNA barcoding je iniciativa zahrnující sběr, uchovávání a zpracování sekvencí mitochondriálních genů vhodných pro identifikaci organismů. Pro živočichy se jako nejvhodnější jeví část genu cytochrom c oxidázy podjednotky 1. K identifikaci standardně používané fylogenetické či statistické metody nedávají vždy uspokojivé výsledky. Námi navržená metoda založená na porovnání nukleotidových denzit zkoumané sekvence s referenčními sekvencemi byla otestována na souboru dat různých skupin organismů, jako jsou ryby, obojživelníci, ptáci i savci. V drtivé většině případů bylo dosaženo 100,0 % účinnosti klasifikace do referenčních druhů, a pokud analyzovaná sekvence nepatřila k druhům obsaženým v referenční databázi, byla s vysokou pravděpodobností zařazena k nejbližšímu příbuznému druhu.

Klíčová slova

Molekulární fylogenetika, identifikace organismů, nukleotidová denzita

Klíčová slova v angličtině

Molekulární fylogenetika, identifikace organismů, nukleotidová denzita

Autoři

MADĚRÁNKOVÁ, D.; PROVAZNÍK, I.

Rok RIV

2013

Vydáno

3. 7. 2013

ISBN

978-80-8086-208-4

Kniha

Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2013

Strany od

1

Strany do

3

Strany počet

3

BibTex

@inproceedings{BUT102049,
  author="Denisa {Maděránková} and Valentine {Provazník}",
  title="Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA",
  booktitle="Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2013",
  year="2013",
  pages="1--3",
  isbn="978-80-8086-208-4"
}