Course detail
Bioinformatics
FEKT-BPC-BINAcad. year: 2023/2024
The course is oriented to principles of bioinformatic processing of biological sequences. It is focused on getting knowledge about biological databases, their structure, and possibilities of their use. It is focused on the study of information methods used for analysis of sequences from biological databases including DAN and on the study of terms genomics and proteomics. Students will get experimental knowledge using Matlab that will be used for design of algorithms for acquisition and processing of biological sequences.
Language of instruction
Number of ECTS credits
Mode of study
Guarantor
Entry knowledge
Rules for evaluation and completion of the course
up to 60 points from finel written exam
The exam is oriented to verification of orientation in basic terms of bioinformatics, ability to design methods for sequence analysis, apply operations on sequences.
Computer exercises are obligatory. Excused absence can be substituted.
Aims
The student will be able to:
- acquire information from biological databasis,
- explain fundamental terms of bioinformatics,
- describe principle of basic methods for analysis of sequences from biological databases,
- discus advantages and disadvantages of the methods,
- design custom methods for sequence analysis based on defined requirements.
Study aids
Prerequisites and corequisites
Basic literature
PEVSNER, Jonathan, 2015. Bioinformatics and functional genomics. Third edition. Chichester: Wiley-Blackwell. ISBN 978-1-118-58178-0 (EN)
Recommended reading
Elearning
Classification of course in study plans
- Programme BPC-BTB Bachelor's 2 year of study, summer semester, compulsory
Type of course unit
Lecture
Teacher / Lecturer
Syllabus
2. Datové formáty využívající se v bioinformatice
3. Základy sekvenace
4. Základy dynamického programování
5. Algoritmy zarovnávání biologických sekvencí 1
6. Mutace a substituční matice
7. BLAST a zarovnávání více sekvencí
8 Fylogenetika a fylogenetické stromy, konstrukce fylogenetických stromů
9. Numerické reprezentace
10. Predikce proteinových struktur.
Exercise in computer lab
Teacher / Lecturer
Syllabus
2. Datové formáty v bioinformatice
3. Práce se sekvenačními daty
4. LCS a editační vzdálenost
5. Globální zarovnávání sekvencí
6. Lokální zarovnávání sekvencí
7. Skórovací a substituční matice
8. Vícenásobné zarovnávání sekvencí, BLAST
9. Numerické reprezentace
10. Signálové zpracování bioinformatických dat
11. Predikce proteinových struktur
12. Konstrukce fylogenetických stromů
Elearning