1.Typy organismů z hlediska zdrojů energie, živin a metabolismu.
2.Specifika metabolismu mikroorganismů, mechanismy adaptace, stresové faktory, extrémofily.
3.Degradace látek v prostředí; abiotické a biotické procesy; biodegradace; bioremediace.
4.Biodegradace s využitím mikroorganismů; asimilace uhlíku a dalších prvků; kinetika biodegradace (dynamika mikrobiálních společenstev).
5.Metabolismus cizorodých látek, biologická dostupnost polutantů (rozpustnost, sorpce, difuze); možnosti asimilace, detoxifikace a biotransformace.
6.Vliv prostředí na průběh biodegradace - abiotické faktory, živiny, synergismus, aerobní a anaerobní procesy.
7.Biodegradace některých významných organických polutantů; bioremediace a biotransformace těžkých kovů.
8.Využití metod genového inženýrství v oblasti biodegradace a biotransformace organismech látek.
9. Obnovitelné zdroje energie - využití rostlinné biomasy; fermentační produkce kapalných a plynných paliv z biomasy.
10. Vybrané bioremediační technologie - přehled