Detail předmětu

Praktikum z molekulární biotechnologie

FCH-MC_MOB_PAk. rok: 2012/2013

Bezpečnost práce v mikrobiologické a biotechnologické laboratoři. Upořádání PCR laboratoře. Příprava kultury buněk Lactobacillus gasseri pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Srážení DNA ethanolem. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA Lactobacillus gasseri s použitím purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Výpočet délky amplifikovaného fragmentu pomocí externích standardů. Stanovení citlivosti PCR. Izolace celkové DNA z mléčného výrobku (jogurtu) pomocí magnetických částic. Identifikace DNA Lactobacillus v mléčném výrobku (jogurtu) pomocí PCR v reálném čase. Testování produkce antimikrobiálních látek u probiotického kmene Lactobacillus gasseri pomocí kultivačních a molekulárně biologických technik. Test.

Jazyk výuky

čeština

Počet kreditů

3

Garant předmětu

doc. RNDr. Alena Španová, CSc.

Zajišťuje ústav

Ústav chemie potravin a biotechnologií (ÚCHPBT)

Výsledky učení předmětu

Praktické znalosti základních metod používaných při analýze DNA. Příprava posteru z vlastních experimentálních výsledků.

Prerekvizity

Je nutné souběžně si zapsat předmět Bioanalytické metody.

Plánované vzdělávací činnosti a výukové metody

Metody vyučování závisejí na způsobu výuky a jsou popsány článkem 7 Studijního a zkušebního řádu VUT.

Způsob a kritéria hodnocení

V průběhu praktika budou vypracovány 4 protokoly formou posteru. Praktikum je ukončeno zápočtem a testem.

Osnovy výuky

1.Uspořádání PCR laboratoře. Bezpečnost práce. Pipetování malých objemů. 2. Příprava probiotické kultury buněk Lactobacillus gasseri pro izolaci bakteriální DNA. Ověření čistoty bakteriální kultury. 3. Lyze buněk a příprava hrubého lyzátu. 4. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Srážení DNA ethanolem. 5. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu.
6. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Ředění DNA.7. Příprava PCR směsí pro amplifikaci specifického úseku DNA Lactobacillus s použitím purifikované DNA matrice. Stanovení citlivosti PCR. Negativní kontroly. 8.Provedení PCR reakce. Detekce PCR produktů pomocí gelové elektroforézy na agaróze. 9.Výpočet délky amplikonů pomocí externích standardů a programu Bionumerics.
10.Izolace celkové DNA z mléčného výrobku (probiotického nápoje) metodou magnetické separace pomocí magnetických částic P (HEMA-co-GMA). 11. Identifikace a kvantifikace DNA Lactobacillus v mléčném výrobku (probiotický nápoj) pomocí RT-PCR.
12. Testování produkce antimikrobiálních látek. Amplifikace genu kódujícího bakteriocin probiotického kmene L. gasseri.
13. Test.

Učební cíle

Cílem praktika je praktické zvládnutí základních technik práce s DNA a amplifikace DNA polymerázovou řetězovou reakcí (PCR). Dalším cílem je příprava posteru.

Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění a formy nahrazování zameškané výuky

Účast v praktiku je povinná.

Základní literatura

Španová A., Rittich B.: Analýza vybraných druhů baktérií mléčného kvašení pomocí metod molekulární biologie (CS)

Zařazení předmětu ve studijních plánech

  • Program NPCP_CHTP magisterský navazující

    obor NPCO_CHTP , 2 ročník, zimní semestr, povinně volitelný

  • Program NKCP_CHTP magisterský navazující

    obor NKCO_CHTP , 2 ročník, zimní semestr, povinně volitelný

  • Program CKCP_CZV celoživotní vzdělávání (není studentem)

    obor CKCO_CZV , 1 ročník, zimní semestr, povinně volitelný

Typ (způsob) výuky

 

Konzultace v kombinovaném studiu

13 hod., nepovinná

Vyučující / Lektor

doc. RNDr. Alena Španová, CSc.

Laboratorní cvičení

26 hod., povinná

Vyučující / Lektor

doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ing. Barbora Gregušová
Ing. Štěpánka Trachtová, Ph.D.
Mgr. Kristýna Turková, Ph.D.