Detail předmětu

Praktikum z molekulární biotechnologie

FCH-MC_MOB_PAk. rok: 2013/2014

Bezpečnost práce v mikrobiologické a biotechnologické laboratoři. Upořádání PCR laboratoře. Příprava kultury buněk Lactobacillus acidophilus pro izolaci bakteriální DNA. Lyze buněk. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Srážení DNA ethanolem. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA Lactobacillus acidophilus s použitím purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. Provedení PCR reakce. Detekce PCR produktu pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Výpočet délky amplifikovaného fragmentu pomocí externích standardů. Stanovení citlivosti PCR. Izolace celkové DNA z mléčného výrobku (jogurtu). Identifikace DNA Lactobacillus v mléčném výrobku (jogurtu) pomocí PCR. Gelová elektroforéza PCR produktu. Zápočtové cvičení.

Jazyk výuky

čeština

Počet kreditů

3

Garant předmětu

doc. RNDr. Alena Španová, CSc.

Zajišťuje ústav

Ústav chemie potravin a biotechnologií (ÚCHPBT)

Výsledky učení předmětu

Praktické znalosti základních metod používaných při analýze DNA

Prerekvizity

Je nutné souběžně si zapsat předmět Bioanalytické metody.

Plánované vzdělávací činnosti a výukové metody

Výuka předmětu je realizována formou: Laboratorní cvičení - 2 vyučovací hodiny týdně. Vyučujícím a studentům je k dispozici e-learningový systém LMS Moodle.

Způsob a kritéria hodnocení

Praktikum je ukončeno zápočtem - identifikace BMK pomocí PCR

Osnovy výuky

1.Uspořádání PCR laboratoře. Bezpečnost práce. Pipetování malých objemů. 2. Příprava probiotické kultury buněk Lactobacillus pro izolaci bakteriální DNA. Ověření čistoty bakteriální kultury. 3. Lyze buněk a příprava hrubého lyzátu. 4. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Srážení DNA ethanolem. 5. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. 6. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. 7. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA Lactobacillus s použitím purifikované DNA matrice. Negativní kontroly. 8.Provedení PCR reakce. 9. Detekce PCR produktů pomocí gelové elektroforézy na agaróze. 10.Výpočet délky amplifikovaného fragmentu pomocí externích standardů a programu Bionumerics. 11.Izolace celkové DNA z mléčného výrobku (probiotického nápoje) metodou magnetické separace za využití magnetických částic P (HEMA-co-GMA). Stanovení citlivosti DNA. 12. Identifikace a kvantifikace DNA Lactobacillus v mléčném výrobku (probiotický nápoj) pomocí RT-PCR. 13. Závěrečný test.

Učební cíle

Součástí praktika je praktické zvládnutí základních technik analýzy DNA

Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění a formy nahrazování zameškané výuky

Účast v praktiku je povinná.

Základní literatura

Španová A., Rittich B.: Analýza vybraných druhů baktérií mléčného kvašení pomocí metod molekulární biologie (CS)

Zařazení předmětu ve studijních plánech

  • Program CKCP_CZV celoživotní vzdělávání (není studentem)

    obor CKCO_CZV , 1 ročník, zimní semestr, povinně volitelný

  • Program NPCP_CHTP magisterský navazující

    obor NPCO_CHTP , 1 ročník, zimní semestr, povinně volitelný

  • Program NKCP_CHTP magisterský navazující

    obor NKCO_CHTP , 1 ročník, zimní semestr, povinně volitelný

Typ (způsob) výuky

 

Laboratorní cvičení

26 hod., povinná

Vyučující / Lektor

doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ing. Štěpánka Trachtová, Ph.D.
RNDr. Aleš Kovařík, CSc.