Detail předmětu

Praktikum z molekulární biotechnologie

FCH-MC_MOB_PAk. rok: 2023/2024

Kurz je zaměřen na praktické zvládnutí metody polymerázové řetězové reakce (PCR) při identifikaci bakterií rodu Lactobacillus v mléčném výrobku (probiotický nápoj). DNA v kvalitě vhodné pro PCR je izolována z mléčného výrobku. Po ověření koncentrace a kvality DNA jsou připraveny směsi pro PCR a DNA je amplifikována v konvenční PCR a v PCR v reálném čase. Součástí kurzu je vypracování protokolů formou posterů, také přednáška a PC cvičení z bioinformatiky.

Jazyk výuky

čeština

Počet kreditů

3

Garant předmětu

prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.

Zajišťuje ústav

Ústav chemie potravin a biotechnologií (ÚCHPBT)

Vstupní znalosti

Je doporučené souběžně si zapsat předmět Bioanalytické metody.

Pravidla hodnocení a ukončení předmětu

Praktikum je ukončeno testem a kontrolou protokolů ze všech praktických úloh a z PC cvičení.


Účast v praktiku je povinná.

Učební cíle

Cílem praktika je praktické zvládnutí základních technik práce s DNA, zejména její amplifikace v PCR. Dalším cílem je zvládnutí přípravy posteru.
Praktické znalosti základních metod používaných při analýze DNA.

Základní literatura

Španová A., Rittich B.: Analýza vybraných druhů baktérií mléčného kvašení pomocí metod molekulární biologie (CS)

Doporučená literatura

Němcová, A.: Praktikum z molekulární biotechnologie, FCH VUT (elektronická učební podpora, dostupné na: https://moodle.vut.cz/course/view.php?id=242687) (CS)

Elearning

eLearning: aktuální otevřený kurz

Zařazení předmětu ve studijních plánech

  • Program NPCP_CHMA magisterský navazující

    specializace CHBL , 1 ročník, zimní semestr, povinně volitelný

  • Program NPCP_PCHBT magisterský navazující 1 ročník, zimní semestr, povinně volitelný

Typ (způsob) výuky

 

Konzultace v kombinovaném studiu

52 hod., nepovinná

Vyučující / Lektor

prof. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.

Laboratorní cvičení

52 hod., povinná

Vyučující / Lektor

Ing. Lenka Fialová, Ph.D.
Ing. Lucie Šislerová
Ing. Libuše Kratochvilová
Ing. Michaela Dobrovolná

Osnova

1. Bezpečnost práce. Uspořádání PCR laboratoře. Pipetování malých objemů.
2. Kultivace buněk Lactobacillus pro izolaci bakteriální DNA. Ověření čistoty bakteriální kultury.
3. Lyze buněk a příprava hrubého lyzátu. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Srážení DNA ethanolem.
4. Lyze buněk a izolace DNA pomocí kitové soupravy.
5. Ověření intaktnosti DNA z obou forem izolací pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. Vypracování protokolu formou posteru.
6. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Příprava směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA Lactobacillus s použitím purifikované DNA matrice. Příprava negativní kontroly. Provedení PCR reakce.
7. Detekce produktů PCR pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Výpočet délky amplikonu pomocí standardu s využitím programu Bionumerics. Vypracování protokolu formou posteru.
8. Izolace celkové DNA z hrubých lyzátů buněk mléčného výrobku (probiotického nápoje) s využitím magnetických částic P (HEMA-co-GMA).
9. Příprava směsi pro amplifikaci a amplifikace DNA pomocí PCR v reálném čase (RT_PCR). Vypracování protokolu formou posteru.
10. Seznámení se základy bioinformatiky ve formě přednášky.
11.–12. Seznámení se se základy bioinformatiky ve formě praktického procvičení na PC.
13. Test a kontrola protokolů.

Elearning

eLearning: aktuální otevřený kurz