Detail publikace

Similarity Of Cyanobacteria Based On The Comparison Of Whole Protein Coding Information

KUBICOVÁ, V. PROVAZNÍK, I.

Originální název

Similarity Of Cyanobacteria Based On The Comparison Of Whole Protein Coding Information

Typ

článek ve sborníku ve WoS nebo Scopus

Jazyk

angličtina

Originální abstrakt

We present a method for determination of the similarity among cyanobacteria by comparing coding information in whole genome. This method is based on comparing orthologous genes of the analysed organisms. The number of the orthologous genes can be found by Needleman-Wunsch algorithm. There are two ways how to analyses orthologous genes: first is to rate the significance of diagonal plot, second is to count the number of genes with defined score. We constructed distance tree from number of orthologous genes with score more than 0.8. This distance tree was compared with two distance trees presented in literature.

Klíčová slova

Cyanobacteria, protein coding regions, distance tree

Autoři

KUBICOVÁ, V.; PROVAZNÍK, I.

Rok RIV

2012

Vydáno

30. 5. 2012

Nakladatel

LITERA Brno

Místo

Brno

ISBN

978-80-7375-618-5

Kniha

Sborník příspěvků: XII. Pracovní setkání fyzikálních chemiků a elektrotechniků

Číslo edice

1.

Strany od

116

Strany do

118

Strany počet

3

BibTex

@inproceedings{BUT93138,
  author="Vladimíra {Kubicová} and Valentine {Provazník}",
  title="Similarity Of Cyanobacteria Based On The Comparison Of Whole Protein Coding Information",
  booktitle="Sborník příspěvků: XII. Pracovní setkání fyzikálních chemiků a elektrotechniků",
  year="2012",
  number="1.",
  pages="116--118",
  publisher="LITERA Brno",
  address="Brno",
  isbn="978-80-7375-618-5"
}