Publications

• 2025

  KOLÁŘ, R.; VIČAR, T.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; ODSTRČILÍK, J.; NOHEL, M.; SKORKOVSKÁ, K.; TORNOW, R. Compact Monocular Video-Ophthalmoscope to Measure Retinal Reflectance Changes to Flicker Light Stimuli. Journal of Biophotonics, 2025, vol. 2025, no. 3, ISSN: 1864-0648.
  Detail | WWW

• 2024

  NEMČEKOVÁ, P.; HOLEČEK, T.; CHMELÍK, J.; OUŘEDNÍČEK, P.; VALIŠ, K.; JAKUBÍČEK, R. Establishing the Optimal Standard for Preprocessing Head CT Data in Diagnostic Analysis. In MEDICON'23 & CMBEBIH'23. IFMBE PROCEEDINGS. 94. Cham: Springer Nature, 2024. p. 162-169. ISBN: 978-3-031-49067-5. ISSN: 1680-0737.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  NOHEL, M.; CHMELÍK, J. Calculation of Bone Mineral Density from Dual-energy CT and its Application on Patient with Multiple Myeloma. In Proceedings II of the 30st Conference STUDENT EEICT 2024: Selected papers. Proceedings II of the Conference STUDENT EEICT. 1. Brno: Brno University of Technology, Faculty of Electrical Engineering and Communication, 2024. p. 129-133. ISBN: 978-80-214-6230-4. ISSN: 2788-1334.
  Detail | WWW

  ŠKRVÁŇ, A.; HUDEC, R.; ŠTUREKOVÁ, J.; HARABIŠ, V.; CHMELÍK, J. Radon Transform-Based 3D Reconstruction of Brain Vasculature from 2D Angiography. In 2024 ELEKTRO (ELEKTRO). ELECTRO2022. IEEE, 2024. p. 1-6. ISBN: 979-8-3503-7235-9. ISSN: 2691-0616.
  Detail | WWW

  KUČERA, J.; FUKALOVÁ, P.; STŘEDOVÁ, H.; BLECHA, M.; JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; PODHRÁZSKÁ, J.; STŘEDA, T. Evaluation of the Spatial Structure of Windbreaks from Digital Photography. Journal of Ecological Engineering, 2024, vol. 25, no. 10, p. 381-391. ISSN: 2299-8993.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  JURČA, J.; HARABIŠ, V.; JAKUBÍČEK, R.; HOLEČEK, T.; NEMČEKOVÁ, P.; OUŘEDNÍČEK, P.; CHMELÍK, J. Deep-learning based automatic determination of cardiac planes in survey MRI data. In MEDICON’23 and CMBEBIH’23. IFMBE PROCEEDINGS. 93. Cham: Springer, 2024. p. 285-292. ISBN: 978-3-031-49061-3. ISSN: 1680-0737.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; NEMČEKOVÁ, P.; NOHEL, M.; HARABIŠ, V.; JAN, J.; CHMELÍK, J. Analysis of 3D Medical Image Data - Reasearch report 2024. Brno: 2024. p. 1-24.
  Detail

  SCHWARZEROVÁ, J.; NOHEL, M.; SITKOVA, R.; SKARDA, J.; CHMELÍK, J.; PROVAZNÍK, V.; WECKWERTH, W. Unlocking Genetic Prognostication: Cage App – Computer-Aided Approach for Genomics Prediction. Kladno, Czech Republik: 2024.
  Detail | WWW

  NOHEL, M.; JAKUBÍČEK, R.; BLAŽKOVÁ, L.; VÁLEK, V.; DOSTÁL, M.; OUŘEDNÍČEK, P.; CHMELÍK, J. Comparison of spine segmentation algorithms on clinical data from spectral CT of patients with multiple myeloma. In MEDICON'23 & CMBEBIH'23. IFMBE PROCEEDINGS. 93. Cham: Springer Nature Switzerland, 2024. p. 309-317. ISBN: 978-3-031-49061-3. ISSN: 1680-0737.
  Detail | WWW

  NOHEL, M.; MÉZL, M.; VÁLEK, V.; DOSTÁL, M.; CHMELÍK, J. Method Comparison for Bone Density in Multiple Myeloma Patients. Lékař a technika, 2024, vol. 54, no. 3, p. 94-100. ISSN: 0301-5491.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

• 2023

  WENNMANN, M.; MING, W.; BAUER, F.; CHMELIK, J.; KLEIN, A.; UHLENBROCK, C.; GROZINGER, M.; KIM-CELINE, K.; NONNENMACHER, T.; DEBIC, M.; HIELSCHER, T.; THIERJUNG, H.; ROTKOPF, L.; STANZCYK, N.; SAUER, S.; JAUCH, A.; GOTZ, M.; KURZ, F.; SCHLAMP, K.; HORGER, M.; AFAT, S.; BESEMER, B.; HOFFMANN, M.; HOFFEND, J.; KRAEMER, D.; GRAEVEN, U.; RINGELSTEIN, A.; BONEKAMP, D.; KLEESIEK, J.; FLOCA, R.; HILLENGASS, J.; MAI, E.; WEINHOLD, N.; WEBER, T.; GOLDSCHMIDT, H.; SCHLEMMER, H.; MAIER-HEIN, K.; DELORME, S.; NEHER, P. Prediction of Bone Marrow Biopsy Results From MRI in Multiple Myeloma Patients Using Deep Learning and Radiomics. INVESTIGATIVE RADIOLOGY, 2023, vol. 58, no. 10, p. 754-765. ISSN: 0020-9996.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; NEMČEKOVÁ, P.; NOHEL, M.; HARABIŠ, V.; JAN, J.; CHMELÍK, J. Analysis of 3D Medical Image Data - Reasearch report 2023. Brno: 2023. p. 1-23.
  Detail

  NEMČEKOVÁ, P.; ŠKRVÁŇ, A.; MARQUERING, H.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R. ANALYSIS OF RELATIONSHIPS BETWEEN HETEROGENUOUS RADIOMIC FEATURES OF THROMBUS IN ACUTE ISCHEMIC STROKE. Lékař a technika, 2023, vol. 53, no. 2, p. 37-41. ISSN: 0301-5491.
  Detail | WWW

  NEMČEKOVÁ, P.; ŠKRVÁŇ, A.; MARQUERING, H.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R. Analýza vzťahov medzi radiomickými príznakmi heterogenity trombu v akútnych ischemických mozgových príhodách. Trendy v biomedicínském inženýrství 2023. Brno: VUT v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2023. p. 35-40. ISBN: 978-80-214-6173-4.
  Detail | WWW

  KOLÁŘOVÁ, J.; MÉZL, M.; NĚMCOVÁ, A.; KRÁLÍK, M.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; SEKORA, J. Trendy v biomedicínském inženýrství 2023. Trendy v biomedicínském inženýrství 2023. Brno: VUT v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2023. ISBN: 978-80-214-6173-4.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; NEMČEKOVÁ, P.; OUŘEDNÍČEK, P.; CHMELÍK, J. Možnosti přístupu k obrazovým datům v rámci projektů ÚBMI ve spolupráci s klinickými pracovišti. Trendy v biomedicínském inženýrství 2023. Brno: VUT v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2023. p. 17-24. ISBN: 978-80-214-6173-4.
  Detail | WWW

  KOLÁŘ, R.; VIČAR, T.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; ODSTRČILÍK, J.; VALTEROVÁ, E.; NOHEL, M.; SKORKOVSKÁ, K.; TORNOW, R. Assessment of retinal vein pulsation through video-ophthalmoscopy and simultaneous biosignals acquisition. Biomedical Optics Express, 2023, vol. 14, no. 6, p. 2645-2657. ISSN: 2156-7085.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  CHMELÍKOVÁ, L.; FECKO, P.; CHMELÍK, J.; SKÁCEL, J.; OTÁHAL, A.; FOHLEROVÁ, Z. Demolded hollow high aspect-ratio parylene-C micropillars for real-time mechanosensing applications. Applied Materials Today, 2023, vol. 31, no. 1, p. 1-12. ISSN: 2352-9407.
  Detail | WWW

  WENNMANN, M.; BAUER, F.; KLEIN, A.; CHMELÍK, J.; GRÖZINGER, M.; ROTKOPF, L.; NEHER, P.; GNIRS, R.; KURZ, F.; NONNENMACHER, T.; SAUER, S.; WEINHOLD, N.; GOLDSCHMIDT, H.; KLEESIEK, J.; BONEKAMP, D.; WEBER, T.; DELORME, S.; MAIER-HEIN, K.; SCHLEMMER, H.; GOTZ, M. In Vivo Repeatability and Multi-Scanner Reproducibility of MRI Radiomics Features in Patients with Monoclonal Plasma Cell Disorders: A Prospective Bi-Institutional Study. INVESTIGATIVE RADIOLOGY, 2023, vol. 58, no. 4, p. 253-264. ISSN: 0020-9996.
  Detail | WWW

  WENNMANN, M.; NEHER, P.; STANZCYK, N.; KIM-CELINE, K.; KACHELE, J.; WERU, V.; HIELSCHER, T.; GRÖZINGER, M.; CHMELÍK, J.; ZHANG, K.; BAUER, F.; NONNENMACHER, T.; DEBIC, M.; SAUER, S.; ROTKOPF, L.; JAUCH, A.; SCHLAMP, K.; MAI, E.; WEINHOLD, N.; AFAT, S.; HORGER, M.; GOLDSCHMIDT, H.; SCHLEMMER, H.; WEBER, T.; DELORME, S.; KURZ, F.; MAIER-HEIN, K. Deep Learning for Automatic Bone Marrow Apparent Diffusion Coefficient Measurements From Whole-Body Magnetic Resonance Imaging in Patients With Multiple Myeloma: A Retrospective Multicenter Study. INVESTIGATIVE RADIOLOGY, 2023, vol. 58, no. 4, p. 273-282. ISSN: 0020-9996.
  Detail | WWW

  VIČAR, T.; JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; KOLÁŘ, R. Registration of medical image sequences using auto-differentiation. In Medical Imaging and Computer-Aided Diagnosis: Proceedings of 2022 International Conference on Medical Imaging and Computer-Aided Diagnosis (MICAD 2022). Lecture notes in Electrical Engineering. 1. Springer, 2023. p. 169-178. ISBN: 978-981-16-6774-9. ISSN: 1876-1100.
  Detail | WWW

• 2022

  VIČAR, T.; CHMELÍK, J.; NAVRÁTIL, J.; KOLÁŘ, R.; CHMELÍKOVÁ, L.; ČMIEL, V.; JAGOŠ, J.; PROVAZNÍK, I.; MASAŘÍK, M.; GUMULEC, J. Cancer cell viscoelasticity measurement by quantitative phase and flow stress induction. BIOPHYSICAL JOURNAL, 2022, vol. 121, no. 9, p. 1632-1642. ISSN: 0006-3495.
  Detail | WWW

  NOHEL, M.; JAN, J.; CHMELÍK, J. Characterization of osteolytic lesions by low-dose spectral CT in myeloma patients. In Proceedings I of the 28th Conference STUDENT EEICT 2022 General Papers. 1. Brno, Česká Republika: Brno University of Technology, 2022. p. 442-446. ISBN: 978-80-214-6029-4.
  Detail | WWW

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; JAN, J.; HARABIŠ, V.; NOHEL, M.; NEMČEKOVÁ, P.; JURČA, J.; NEMČEK, J. Analysis of 3D Medical Image Data - Reasearch report 2022. Brno: 2022. p. 1-18.
  Detail

  SCHWARZEROVÁ, J.; NEMČEKOVÁ, P.; PIERDIES, I.; NOHEL, M.; CHMELÍK, J.; SEDLÁŘ, K.; WECKWERTH, W. OMICs prediction for Hordeum vulgare using Random Forest methodology. The Biomania Student Scientific Meeting 2022, Book of abstract. 1st. Brno: Masaryk University Press, 2022. p. 52-52. ISBN: 978-80-280-0040-0.
  Detail

  WENNMANN, M.; KLEIN, A.; BAUER, F.; CHMELÍK, J.; GRÖZINGER, M.; UHLENBROCK, C.; LOCHNER, J.; NONNENMACHER, T.; ROTKOPF, L.; SAUER, S.; HIELSCHER, T.; GOTZ, M.; FLOCA, R.; NEHER, P.; BONEKAMP, D.; HILLENGASS, J.; KLEESIEK, J.; WEINHOLD, N.; WEBER, T.; GOLDSCHMIDT, H.; MAIER-HEIN, K.; SCHLEMMER, H. Combining Deep Learning and Radiomics for Automated, Objective, Comprehensive Bone Marrow Characterization From Whole-Body MRI: A Multicentric Feasibility Study. INVESTIGATIVE RADIOLOGY, 2022, vol. 57, no. 11, p. 752-763. ISSN: 0020-9996.
  Detail | WWW

• 2021

  UHLENBROCK, C.; WENNMANN, M.; KLEIN, A.; BAUER, F.; CHMELÍK, J.; GRÖZINGER, M.; ROTKOPF, L.; GOTZ, M.; THIERJUNG, H.; SAUER, S.; BONEKAMP, D.; KLEESIEK, J.; WEBER, T.; HILLENGASS, J.; SCHLEMMER, H.; GOLDSCHMIDT, H.; FLOCA, R.; WEINHOLD, N.; MAIER-HEIN, K.; DELORME, S. Radiomics model of pelvic bone marrow in MRI for prediction of plasma cell infiltration in multiple myeloma patients. Jahrestagung der Deutschen, Österreichischen und Schweizerischen Gesellschaften für Hämatologie und Medizinische Onkologie. Oncology Research and Treatment. KARGER, ALLSCHWILERSTRASSE 10, CH-4009 BASEL, SWITZERLAND, 2021. p. 84-84. ISBN: 978-3-318-06712-5. ISSN: 2296-5270.
  Detail | WWW

  VIČAR, T.; GUMULEC, J.; KOLÁŘ, R.; CHMELÍK, J.; NAVRATIL, J.; CHMELÍKOVÁ, L.; ČMIEL, V.; PROVAZNÍK, I.; MASAŘÍK, M. Parametric Deconvolution for Cancer Cells Viscoelasticity Measurements from Quantitative Phase Images. In IEEE Engineering in Medicine and Biology Society Conference Proceedings. Proceedings IEEE EMBC. 345 E 47TH ST, NEW YORK, NY 10017 USA: IEEE, 2021. p. 439-442. ISBN: 978-1-7281-1179-7. ISSN: 1557-170X.
  Detail | WWW

  WENNMANN, M.; KLEIN, A.; BAUER, F.; CHMELÍK, J.; UHLENBROCK, C.; GRÖZINGER, M.; ROTKOPF, L.; SAUER, S.; THIERJUNG, H.; BONEKAMP, D.; KLEESIEK, J.; WEBER, T.; HILLENGASS, J.; GOLDSCHMIDT, H.; SCHLEMMER, H.; FLOCA, R.; WEINHOLD, N.; MAIER-HEIN, K.; DELORME, S. Automatic analysis of magnetic resonance imaging in multiple myeloma patients: deep-learning based pelvic bone marrow segmentation and radiomics analysis for prediction of plasma cell infiltration. CL LYMPH MYELOM LEUK. 3500 MAPLE AVENUE, STE 750, DALLAS, TX 75219-3931: CIG MEDIA GROUP, LP, 2021. p. S49 (S49 p.)ISSN: 2152-2650.
  Detail | WWW

  WENNMANN, M.; CHMELÍK, J.; BAUER, F.; KLEIN, A.; UHLENBROCK, C.; LOCHNER, J.; GRÖZINGER, M.; ROTKOPF, L.; SAUER, S.; BONEKAMP, D.; KLEESIEK, J.; WEBER, T.; HILLENGASS, J.; GOLDSCHMIDT, H.; SCHLEMMER, H.; FLOCA, R.; WEINHOLD, N.; MAIER-HEIN, K.; DELORME, S. Automatic bone marrow segmentation in whole-body magnetic resonance imaging: towards comprehensive, objective MRI-phenotypic bone marrow characterization in multiple myeloma. 18th International Myeloma Workshop. CL LYMPH MYELOM LEUK. 3500 MAPLE AVENUE, STE 750, DALLAS, TX 75219-3931: CIG MEDIA GROUP, LP, 2021. p. S45 (S46 p.)ISSN: 2152-2650.
  Detail | WWW

  VIČAR, T.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍKOVÁ, L.; GUMULEC, J.; BALVAN, J.; PROVAZNÍK, I.; KOLÁŘ, R. Self-supervised pretraining for transferable quantitative phase image cell segmentation. Biomedical Optics Express, 2021, vol. 12, no. 10, p. 6514-6528. ISSN: 2156-7085.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  SEKUBOYINA, A.; HUSSEINI, M.; BAYAT, A.; et al. VerSe: A Vertebrae Labelling and Segmentation Benchmark for Multi-detector CT Images. MEDICAL IMAGE ANALYSIS, 2021, vol. 73, no. 4, p. 1-32. ISSN: 1361-8415.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; NEMČEK, J.; CHMELÍK, J. Výuka moderních metod analýzy obrazových dat nejen pro biomedicínské inženýry. Trendy v biomedicínském inžinýrství 2021. Liberec, Česká republika: Technická univerzita v Liberci, 2021. p. 79-83. ISBN: 978-80-7494-586-1.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; VIČAR, T.; OUŘEDNÍČEK, P.; JAN, J. Deep learning based prediction of virtual non contrast CT images. In International Conference Proceeding Series (ICPS) - ISEEIE 2021: 2021 International Symposium on Electrical, Electronics and Information Engineering. ACM Proceedings. New York, NY, USA: Assiciation for Computing Machinery, 2021. p. 72-76. ISBN: 978-1-4503-8983-9. ISSN: 2168-4081.
  Detail | WWW

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R. Moderní trendy a aspekty použití umělé inteligence v biomedicíně. Trendy v biomedicínském inžinýrství 2021. Liberec, Česká republika: Technická univerzita v Liberci, 2021. p. 68-73. ISBN: 978-80-7494-586-1.
  Detail | WWW

• 2020

  JAKUBÍČEK, R.; VIČAR, T.; CHMELÍK, J. A Tool for Automatic Estimation of Patient Position in Spinal CT Data. In EMBEC 2020, IFMBE Proceedings 80. IFMBE PROCEEDINGS. Switzerland: Springer Nature Switzerland AG 2021, 2020. p. 51-56. ISBN: 978-3-030-64610-3. ISSN: 1680-0737.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J.; OUŘEDNÍČEK, P.; LAMBERT, L.; GAVELLI, G. Learning–based vertebra localization and labeling in 3D CT data of possibly incomplete and pathological spines. COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE, 2020, vol. 183, no. 105081, p. 1-9. ISSN: 0169-2607.
  Detail | WWW

  NEMČEK, J; JAKUBÍČEK, R..; CHMELÍK, J. Localization and Classification of Intracranial Hemorrhages in CT Data. In EMBEC 2020, IFMBE Proceedings 80. IFMBE PROCEEDINGS. Switzerland: Springer Nature Switzerland AG 2021, 2020. p. 767-773. ISBN: 978-3-030-64609-7. ISSN: 1680-0737.
  Detail | WWW

  VIČAR, T.; CHMELÍK, J.; KOLÁŘ, R. Cell Segmentation in Quantitative Phase Images with Improved Iterative Thresholding Method. In EMBEC 2020, IFMBE Proceedings vol. 80. IFMBE PROCEEDINGS. Switzerland: Springer Nature Switzerland AG 2021, 2020. p. 233-239. ISBN: 978-3-030-64609-7. ISSN: 1680-0737.
  Detail | WWW

• 2019

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; JAN, J.; OUŘEDNÍČEK, P.; LAMBERT, L.; AMADORI, E.; GAVELLI, G. Fully Automatic CAD System for Segmentation and Classification of Spinal Metastatic Lesions in CT Data. In World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering 2018. IFMBE PROCEEDINGS. Singapore: Springer, 2019. p. 155-158. ISBN: 978-981-10-9034-9. ISSN: 1680-0737.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J.; OUŘEDNÍČEK, P.; LAMBERT, L.; GAVELLI, G. Fully Automatic CAD System for Spine Localisation and Vertebra Segmentation in CT Data. In World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering 2018. IFMBE PROCEEDINGS. Singapore: Springer, 2019. p. 223-226. ISBN: 978-981-10-9034-9. ISSN: 1680-0737.
  Detail | WWW

  BAIAZITOVA, L.; SKOPALÍK, J.; ČMIEL, V.; CHMELÍK, J.; SVOBODA, O.; PROVAZNÍK, I. Modern semi-automatic set-up for testing cell migration with impact for therapy of myocardial infarction. In World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering 2018. IFMBE PROCEEDINGS. Singapore: Springer, 2019. p. 155-159. ISBN: 978-981-10-9022-6. ISSN: 1680-0737.
  Detail | WWW

  BAIAZITOVA, L.; SKOPALÍK, J.; CHMELÍK, J.; ZUMBERG, I.; ČMIEL, V.; POLÁKOVÁ, K.; PROVAZNÍK, I. The Effect of Rhodamine-Derived Superparamagnetic Maghemite Nanoparticles on the Motility of Human Mesenchymal Stem Cells and Mouse Embryonic Fibroblast Cells. MOLECULES, 2019, vol. 24, no. 7, p. 1192-1209. ISSN: 1420-3049.
  Detail | WWW | Full text in the Digital Library

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; VIČAR, T.; WALEK, P.; OUŘEDNÍČEK, P.; JAN, J. Iterative machine learning based rotational alignment of brain 3D CT data. In 2019 41th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC). Proceedings IEEE EMBC. Berlin, Germany: IEEE, 2019. p. 4404-4408. ISBN: 978-1-5386-1312-2. ISSN: 1557-170X.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; OUŘEDNÍČEK, P.; JAN, J. Deep-learning-based fully automatic spine centerline detection in CT data. In 2019 41th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC). Proceedings IEEE EMBC. Berlin, Germany: IEEE, 2019. p. 2407-2410. ISBN: 978-1-5386-1312-2. ISSN: 1557-170X.
  Detail | WWW

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; OUŘEDNÍČEK, P.; JAN, J. Využití parametrických obrazů ze spektrálního CT. In Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2019. Terchová, Slovensko: Žilinská univerzita, 2019. p. 1-4. ISBN: 978-80-554-1587-1.
  Detail

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J. Detekce polypů v kolonoskopických snímcích s využitím regionální konvoluční neuronové sítě. In Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2019. Terchová, Slovensko: Žilinská univerzita, 2019. p. 1-4. ISBN: 978-80-554-1587-1.
  Detail

  JAN, J.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; WALEK, P.; MALÍNSKÝ, M.; PETER, R.; OUŘEDNÍČEK, P. From Classical Medical Image Analysis to Deep Learning Based Diagnosis Support. In Trendy v biomedicínskom inženierstve. 1. Žilina (SK): Žilinská universita, 2019. p. 1-6. ISBN: 978-80-554-1587-1.
  Detail

  NEMČEK, J.; JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J. Detekcia intrakraniálnych hemoragií s využitím konvolučných neurónových sietí. In Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2019. Terchová, Slovensko: Žilinská univerzita, 2019. p. 1-4. ISBN: 978-80-554-1587-1.
  Detail

• 2018

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; WALEK, P.; JAN, J.; OUŘEDNÍČEK, P.; LAMBERT, L.; AMADORI, E.; GAVELLI, G. Deep convolutional neural network-based segmentation and classification of difficult to define metastatic spinal lesions in 3D CT data. MEDICAL IMAGE ANALYSIS, 2018, vol. 49, no. C, p. 76-88. ISSN: 1361-8415.
  Detail | WWW

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; NECKÁŘ, J.; KOLÁŘ, R. Automatic Segmentation of Myocardial Infarction in Rats Subjected to Regional Ischemia. In Computing in Cardiology 2018. Computing in Cardiology. Maastricht, Netherlands: Computing in Cardiology, 2018. p. 1-4. ISSN: 2325-887X.
  Detail | WWW

  JAN, J.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; OUŘEDNÍČEK, P.; AMADORI, E.; GAVELLI, G. Spine lesion analysis in 3D CT data – Reporting on research progress. In AIP Conference Proceedings vol. 1956. AIP conference proceedings. 1. Melville, New York: AIP Publishing, 2018. p. 11-14. ISBN: 978-0-7354-1657-4. ISSN: 0094-243X.
  Detail | WWW

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; JAN, J.; OUŘEDNÍČEK, P.; LAMBERT, L.; AMADORI, E.; GAVELLI, G. Fully automatic CAD system for segmentation and classification of spinal metastatic lesions in CT data. World Congress on Medical Physics & Biomedical Engineering, Book of Abstracts. Prague, Czech Republic: 2018. p. 231-232.
  Detail

• 2017

  SMÍŠEK, R.; HEJČ, J.; RONZHINA, M.; NĚMCOVÁ, A.; MARŠÁNOVÁ, L.; CHMELÍK, J.; KOLÁŘOVÁ, J.; PROVAZNÍK, I.; SMITAL, L.; VÍTEK, M. SVM Based ECG Classification Using Rhythm and Morphology Features, Cluster Analysis and Multilevel Noise Estimation. In Computing in Cardiology 2017. Computers in Cardiology. Rennes, France: 2017. p. 1-4. ISBN: 978-1-5090-0684-7. ISSN: 0276-6574.
  Detail

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J. Vertebrae segmentation in 3D CT data: a review of methods and evaluation approaches. CURRENT MEDICAL IMAGING REVIEWS, 2017, vol. 14, no. 1, p. 1-14. ISSN: 1573-4056.
  Detail | WWW

  JAN, J.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R. Spine lesion analysis in 3D CT data - reporting on reseach progress. 6th Int. Conference on Biotechnology and Bioengineering 2017 Abstract book. 1. Offenburg (Germany): Offenburg University of Applied Sciences (Germany), 2017. p. 10-10.
  Detail

  HEJČ, J.; SMÍŠEK, R.; RONZHINA, M.; NĚMCOVÁ, A.; MARŠÁNOVÁ, L.; CHMELÍK, J.; KOLÁŘOVÁ, J.; PROVAZNÍK, I.; SMITAL, L.; VÍTEK, M. Systém pro automatickou klasifikaci fibrilace síní z krátkodobých jednosvodových EKG záznamů. 2017.
  Detail

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; JAN, J. Tumorous Spinal Lesions: Computer Aided Diagnosis and Evaluation Based on CT Data – A Review. CURRENT MEDICAL IMAGING REVIEWS, 2017, vol. 14, no. 5, p. 686-694. ISSN: 1573-4056.
  Detail | WWW

  BAIAZITOVA, L.; SKOPALÍK, J.; SVOBODA, O.; CHMELÍK, J.; PROVAZNÍK, I. Fluorescence method for measuring cell proliferation by image analysis of cell confluency. In XVII. Workshop of Physical Chemists and Electrochemists. 1. Brno, Czech Republic: Masarykova Univerzita - MUNI PRESS, 2017. p. 47-48. ISBN: 978-80-210-8580- 0.
  Detail | WWW

  JAN, J.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; WALEK, P.; KODYM, O.; ŠALPLACHTA, J. Analysis of bone lesions in 3D CT human spine data Initial phase of bone mass density project Quality evaluation of reconstructed CT image data. Brno: UBMI FEKT, VUT v Brně, 2017. p. 1-103.
  Detail

• 2016

  ŽÍDEK, J.; VOJTOVÁ, L.; ABDEL-MOHSEN, A.; CHMELÍK, J.; ZIKMUND, T.; BRTNÍKOVÁ, J.; JAKUBÍČEK, R.; ZUBAL, L.; JAN, J.; KAISER, J. Accurate micro-computed tomography imaging of pore spaces in collagen-based scaffold. Journal of Materials Science: Materials in Medicine, 2016, vol. 27, no. 6, p. 1-18. ISSN: 0957-4530.
  Detail

• 2015

  JAN, J.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; WALEK, P. Research report 2015 - Analysis of bone lesions in 3D CT human spine data. 2015. p. 1-123.
  Detail

  LABOUNEK, R.; MIKL, M.; JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J. Could it be possible to distinguish bending and crossing fibers in diffusion MRI data?. Clinical Neurophysiology. Netherlands: Elsevier B.V., 2015. p. e46 (e46 p.)ISSN: 1388- 2457.
  Detail | WWW

  CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; JAN, J. Segmentace kostních metastatikých nádorových lézí ve 3D CT datech páteře. In Proceedings ISeC 2015 - Interdisciplinary Scientific eConference virtual conference: http://isec2015.eu, July 20 – 24, 2015. Bratislava, Slovak republic: NEXSYS, Ltd., Bratislava, 2015. p. 107-117. ISBN: 978-80-972051-0- 2.
  Detail

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J. Automatická Segmentace páteře v 3D CT Datech Onkologických Pacientů. In Proceedings ISeC 2015 - Interdisciplinary Scientific eConference virtual conference: http://isec2015.eu, July 20 – 24, 2015. Bratislava, Slovak republic: NEXSYS, Ltd., Bratislava, 2015. p. 118-127. ISBN: 978-80-972051-0- 2.
  Detail

  BAIAZITOVA, L.; SKOPALÍK, J.; ČMIEL, V.; CHMELÍK, J.; SVOBODA, O.; PROVAZNÍK, I.; FOHLEROVÁ, Z.; HUBÁLEK, J. Characterisation of cells migration through cardiac tissue using advanced microscopy techniques and Matlab simulation. In Computing in Cardiology 2015. Compuing in Cardiology 2013. Nice, France: Computing in Cardiology 2015, 2015. p. 1125-1128. ISBN: 978-1-5090-0684-7. ISSN: 2325-8861.
  Detail

  BAIAZITOVA, L.; CHMELÍK, J.; ČMIEL, V.; ČERVENÝ, J.; PROVAZNÍK, I. Cell nuclei localization and 3D reconstruction of plant cell cultures from confocal images. Book of Abstracts CEITEC PhD Retreat. 1. Valtice, Czech Republic: Masarykova Univerzita - MUNI PRESS, 2015. p. 35-35. ISBN: 978-80-210-7825- 3.
  Detail

  JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J. Micro CT 3D visualization and analysis of collagen scaffolds. In Proceedings of the 21st Conference STUDENT EEICT 2015. 1. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních, 2015. p. 481-485. ISBN: 978-80-214-5148- 3.
  Detail

  JAN, J.; NOVOSADOVÁ, M.; DEMEL, J.; OUŘEDNÍČEK, P.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R. Combined bone lesion analysis in 3D CT data of vertebrae. In IEEE EMBC 2015 Proceedings Milano (It). Proceedings IEEE EMBC. IEEE. NEW YORK: IEEE, 2015. p. 6374-6377. ISBN: 978-1-4244-9270-1. ISSN: 1557-170X.
  Detail | WWW

• 2014

  VOJTOVÁ, L.; ŽÍDEK, J.; ZUBAL, L.; ZIKMUND, T.; PROSECKÁ, E.; RAMPICHOVÁ, M.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; WALEK, P.; JAN, J.; KAISER, J. 3D zobrazení skafoldů a buněk pomocí mikroCT. Brno: 2014. p. 36-36.
  Detail

  ŽÍDEK, J.; VOJTOVÁ, L.; ZIKMUND, T.; ABDEL-LATTIF, A.; JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; KAISER, J.; BRTNÍKOVÁ, J.; ZUBAL, L.; JAN, J. Stereoscopic analysis of collagen scaffolds in real 3D volume. Polymery 2014, sborník abstraktů. Praha: Ústav Makromolekulární chemie, 2014. p. 98-99. ISBN: 978-80-85009-81- 1.
  Detail

  VOJTOVÁ, L.; ŽÍDEK, J.; ZUBAL, L.; BRTNÍKOVÁ, J.; ABDEL-LATTIF, A.; ZIKMUND, T.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; JAN, J.; KAISER, J. 3D Imaging of Biopolymeric Scaffolds Using X-Ray Computed Micro- Tomography and Stereoscopy. CEITEC anual conference "Frontiers in Materials and Life Sciences". first. Brno, Czech Republic: Masaryk University, 2014. p. 243-243. ISBN: 978-80-210-7159- 9.
  Detail

  LABOUNEK, R.; MIKL, M.; JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍK, J.; JAN, J. Limity a možnosti difúzního MRI v zobrazování bílé hmoty mozku. In Nové směry v biomedicínském inženýrství. Brno: UBMI, VUT v Brně, 2014. p. 37-46. ISBN: 978-80-214-5049- 3.
  Detail

  CHMELÍK, J.; JAN, J. 3D segmentace tkání s využitím Markovských náhodných polí. In Nové směry v biomedicínském inženýrství. Brno: ÚBMI, VUT v Brně, 2014. p. 16-25. ISBN: 978-80-214-5049- 3.
  Detail

  CHMELÍK, J.; JAN, J. 3D LUNG SEGMENTATION SEGMENTATION USING MARKOV RANDOM FIELDS. In Proceedings of the 20th Conference STUDENT EEICT 2014 Volume 3. Brno: LITERA, 2014. p. 217-221. ISBN: 978-80-214-4924- 4.
  Detail

  VOJTOVÁ, L.; ŽÍDEK, J.; ZUBAL, L.; BRTNÍKOVÁ, J.; ABDEL-LATTIF, A.; ZIKMUND, T.; PROSECKÁ, E.; RAMPICHOVÁ, M.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; JAN, J.; KAISER, J. Studium morfologie biopolymerních skafoldů pomocí rentgenové počítačové mikro- tomografie. In Programová brožura konference: VIII. česko- slovenská konference Polymery. 1. Praha: ÚMCH AVČR, 2014. p. 23-25. ISBN: 978-80-85009-81- 1.
  Detail

• 2013

  CHMELÍK, J.; WALEK, P. AFFINE REGISTRATION OF NATIVE AND CONTRAST- ENHANCED CT BRAIN IMAGES. In Proceedings of the 19th Conference STUDENT EEICT 2013 Volume 2. Brno: LITERA, 2013. p. 164-166. ISBN: 978-80-214-4694- 6.
  Detail | WWW

*) Publications are generated once a 24 hours.