Přístupnostní navigace
E-application
Search Search Close
Project detail
Duration: 01.01.2018 — 30.06.2021
Funding resources
Czech Science Foundation - Standardní projekty
- whole funder (2018-01-01 - 2018-12-31)
On the project
This project is focused on research of microscopic methods based on simultaneous quantitative phase imaging and mechanical stimulation to evaluate biomechanics of living cells. The proposed methods will allow quantitative cell imaging in dynamic studies of cellular morphology and cellular stiffness needed in cancer research. The imaging system will benefit from recent advancement in quantitative phase microscopy such as diffraction phase microscopy and digital off-axis holographic microscopy. The imaging system will be used during mechanical stimulation of cells in two setups utilizing: 1) ultrasound waves and 2) shear stress. The project includes research of new algorithms for processing of acquired image sequences. New imaging techniques will be compared to the traditional confocal fluorescence microscopy and atomic force microscopy. Further, the proposed methods will be experimentally evaluated and verified in prostate cancer cell experiments.
Description in CzechProjekt je zaměřen na výzkum mikroskopických metod založených na simultánním kvantitativním fázovém zobrazování a mechanické stimulaci živých buněk pro vyhodnocení jejich biomechanických vlastností. Navrhované metody umožní kvantitativní zobrazování buněk v dynamických studiích celulární morfologie a tuhosti potřebné v onkologickém výzkumu. Zobrazovací systém bude těžit z nejnovějších poznatků v kvantitativního fázového zobrazování, tj. difrakční fázové mikroskopii a digitální off-axis holografické mikroskopii. Zobrazovací systém bude použit během mechanické stimulace buněk realizované pomocí: 1) ultrazvukového vlnění a 2) smykového napětí. Projekt zahrnuje výzkum nových algoritmů pro zpracování zaznamenaných sekvencí obrazů. Nové zobrazovací techniky budou porovnány s tradiční konfokální mikroskopií a mikroskopií atomárních sil. Navrhované metody budou experimentálně vyhodnoceny a verifikovány v experimentech s nádorovými buňkami. Výsledky projektu přispějí k pochopení specifických zobrazovacích metodik využitelných v živých vědách.
Keywordsdiffraction phase microscopy;digital off-axis holographic microscopy;imaging;biomechanical stimulation;cell stiffness;cancer cell
Key words in Czechdifrakční fázová mikroskopie; laser; ultrazvukový trapping; nádorová buňka
Mark
GA18-24089S
Default language
English
People responsible
Čmiel Vratislav, Ing., Ph.D. - fellow researcherChmelíková Larisa, Ph.D. - fellow researcherKolář Radim, doc. Ing., Ph.D. - fellow researcherProvazník Valentine, prof. Ing., Ph.D. - principal person responsible
Units
Department of Biomedical Engineering- beneficiary (2017-03-30 - not assigned)
Results
VIČAR, T.; GUMULEC, J.; BALVAN, J.; HRACHO, M.; KOLÁŘ, R. Label-free nuclear staining reconstruction in quantitative phase images using deep learning. In World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering, June 3-8, 2018, Prague, Czech Republic. Springer, Singapore, 2019. p. 239-242. ISBN: 978-981-10-9034-9.Detail
VIČAR, T.; CHMELÍK, J.; NAVRÁTIL, J.; KOLÁŘ, R.; CHMELÍKOVÁ, L.; ČMIEL, V.; JAGOŠ, J.; PROVAZNÍK, I.; MASAŘÍK, M.; GUMULEC, J. Cancer cell viscoelasticity measurement by quantitative phase and flow stress induction. BIOPHYSICAL JOURNAL, 2022, vol. 121, no. 9, p. 1632-1642. ISSN: 0006-3495.Detail
BAIAZITOVA, L.; SKOPALÍK, J.; CHMELÍK, J.; ZUMBERG, I.; ČMIEL, V.; POLÁKOVÁ, K.; PROVAZNÍK, I. The Effect of Rhodamine-Derived Superparamagnetic Maghemite Nanoparticles on the Motility of Human Mesenchymal Stem Cells and Mouse Embryonic Fibroblast Cells. MOLECULES, 2019, vol. 24, no. 7, p. 1192-1209. ISSN: 1420-3049.Detail
VIČAR, T.; BALVAN, J.; JAROŠ, J.; JUG, F.; KOLÁŘ, R.; MASAŘÍK, M.; GUMULEC, J. Cell segmentation methods for label-free contrast microscopy: review and comprehensive comparison. BMC BIOINFORMATICS, 2019, vol. 20, no. 1, p. 1-25. ISSN: 1471-2105.Detail
RAUDENSKÁ, M.; KRATOCHVÍLOVÁ, M.; VIČAR, T.; GUMULEC, J.; BALVAN, J.; POLANSKÁ, H.; PŘIBYL, J.; MASAŘÍK, M. Cisplatin enhances cell stiffness and decreases invasiveness rate in prostate cancer cells by actin accumulation. Scientific Reports, 2019, vol. 9, no. 1, p. 1-11. ISSN: 2045-2322.Detail
FOJTŮ, M.; BALVAN, J.; RAUDENSKÁ, M.; VIČAR, T.; BOUŠA, D.; SOFER, Z.; MASAŘÍK, M.; PUMERA, M. Black Phosphorus Cytotoxicity Assessments Pitfalls: Advantages and Disadvantages of Metabolic and Morphological Assays. CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL, 2019, vol. 25, no. 1, p. 349-360. ISSN: 0947-6539.Detail
ROSLI, N.; FOJTŮ, M.; FISHER, A.; PUMERA, M. Graphene Oxide Nanoplatelets Potentiate Anticancer Effect of Cisplatin in Human Lung Cancer Cells. Langmuir, 2019, vol. 35, no. 8, p. 3176-3182. ISSN: 0743-7463.Detail
MALINA, T.; POLÁKOVÁ, K.; SKOPALÍK, J.; MILOTOVÁ, V.; HOLÁ, K.; HAVRDOVÁ, M.; TOMÁNKOVÁ, K.; ČMIEL, V.; ŠEFC, L.; ZBOŘIL, R. Carbon dots for in vivo fluorescence imaging of adipose tissue-derived mesenchymal stromal cells. CARBON, 2019, vol. 152, no. 2019, p. 434-443. ISSN: 0008-6223.Detail
VIČAR, T.; RAUDENSKÁ, M.; GUMULEC, J.; BALVAN, J. The Quantitative-Phase Dynamics of Apoptosis and Lytic Cell Death. Scientific Reports, 2020, vol. 10, no. 1, p. 1-12. ISSN: 2045-2322.Detail
FEITH, M.; VIČAR, T.; GUMULEC, J.; RAUDENSKÁ, M.; GJÖRLOFF WINGREN, A.; MASAŘÍK, M.; BALVAN, J. Quantitative Phase Dynamics of Cancer Cell Populations Affected by Blue Light. Applied Sciences - Basel, 2020, vol. 10, no. 7, p. 1-13. ISSN: 2076-3417.Detail
VIČAR, T.; CHMELÍK, J.; KOLÁŘ, R. Cell Segmentation in Quantitative Phase Images with Improved Iterative Thresholding Method. In EMBEC 2020, IFMBE Proceedings vol. 80. IFMBE PROCEEDINGS. Switzerland: Springer Nature Switzerland AG 2021, 2020. p. 233-239. ISBN: 978-3-030-64609-7. ISSN: 1680-0737.Detail
CALUORI, G.; PŘIBYL, J.; ČMIEL, V.; PEŠL, M.; POTOČŇÁK, T.; PROVAZNÍK, I.; SKLÁDAL, P.; ROTREKL, V. Simultaneous study of mechanobiology and calcium dynamics on hESC‐derived cardiomyocytes clusters. JOURNAL OF MOLECULAR RECOGNITION, 2019, vol. 2018, no. e2760, p. 1-9. ISSN: 0952-3499.Detail
VIČAR, T.; CHMELÍK, J.; JAKUBÍČEK, R.; CHMELÍKOVÁ, L.; GUMULEC, J.; BALVAN, J.; PROVAZNÍK, I.; KOLÁŘ, R. Self-supervised pretraining for transferable quantitative phase image cell segmentation. Biomedical Optics Express, 2021, vol. 12, no. 10, p. 6514-6528. ISSN: 2156-7085.Detail
KOLÁŘ, R.; VIČAR, T.; CHMELÍKOVÁ, L.; PROVAZNÍK, I. Increasing the Image Contrast via Fast Fluorescence Photobleaching. In 2021 43nd Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine & Biology Society (EMBC). Elsevier, 2021. p. 2741-2744. ISBN: 978-1-7281-1179-7.Detail
MALINA, T.; POLÁKOVÁ, K.; SKOPALÍK, J.; MILOTOVÁ, V.; HOLÁ, K.; HAVRDOVÁ, M.; TOMÁNKOVÁ, K.; ČMIEL, V.; ŠEFC, L.; ZBOŘIL, R. Carbon dots for in vivo fluorescence imaging of adipose tissue-derived mesenchymal stromal cells (vol 152, pg 434, 2019). CARBON. OXFORD: PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD, 2021. p. 771-771. ISSN: 0008-6223.Detail
ČMIEL, V.; HARABIŠ, V.: PERFUSNI PUMPA; Programovatelná perfuzní pumpa. SE3-148. (prototyp)Detail