Projekt se zabývá analýzou genomů bakteriálních společenstev, tzv mikrobiomu s cílem detekce genů antibiotické rezistence a souvisejících mobilních genetických elementů za použití běžných přístupů i nových experimentálních postupů. Závěrem bude navržen nový postup bioninformatické analýzy dat.

Popis anglicky
The project focuses on the analysis of bacterial community genomes, i.e. microbiome, with the aim to detect antibiotic resistance genes and associated mobile genetic elements using both, common and novel experimental approaches. F`inally, a new computational workflow on the analysis will be proposed.

Klíčová slova
střevní mikrobiom kuřat, kuřecí farmy, horizontální přenos genů, rezistom, metagenomika, mobilom

Klíčová slova anglicky
chicken gut microbiome, chicken farms, horizontal gene transfer, rezistome, metagenomics, mobilome

22-16786S

čeština

Čejková Darina, Mgr. Bc., Ph.D. - hlavní řešitel
Jakubíčková Markéta, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Petrovičová Gabriela, Ing. - spoluřešitel
Rajasekaran Laxmipriya - spoluřešitel
Schwarzerová Jana, Ing. et Ing., MSc - spoluřešitel
Šabatová Kateřina, Ing. - spoluřešitel

Ústav biomedicínského inženýrství
- odpovědné pracoviště (28.3.2021 - nezadáno)
Ústav biomedicínského inženýrství
- příjemce (28.3.2021 - nezadáno)

XXIII. meeting of Biochemist and Molecular Bilogists. 2024.
Detail

PARTOVI NASR, M.; SCHWARZEROVÁ, J.; ČEJKOVÁ, D.; ŠABATOVÁ, K.; JAKUBÍČKOVÁ, M. Detection of antimicrobial resistance genes in chicken feces from metagenomic samples: a comparative study on bioinformatics tools. 2024.
Detail

VARGA, M.; JOLLEY, K.; SCHWARZEROVÁ, J.; ČEJKOVÁ, D.; MAIDEN, M. Using visual analytics to make sense of genomics data. Oxford UK: Oxford hub, 2024.
Detail

SCHWARZEROVÁ, J.; VARGA, M.; NEJEZCHLEBOVÁ, J.; WECKWERTH, W.; RYCHLÍK, I.; ČEJKOVÁ, D. Exploring Mobile Genetic Elements: A Novel In-Silico Approach to Analyzing the Microbiome. Germany: 2024.
Detail

SCHWARZEROVÁ, J.; RAJASEKARAN, L.; JUREČKOVÁ, K.; NEJEZCHLEBOVÁ, J.; VARGA, M.; PROVAZNÍK, V.; WECKWERTH, W.; ČEJKOVÁ, D. Visualizing Horizontal Gene Transfer Detection in Phylogenetically Divergent Bacteria. In Lecture Notes in Bioinformatics. Lecture Notes in Computer Science. 14849. Springer Nature, 2024. p. 267-277. ISBN: 978-3-031-64636-2. ISSN: 1611-3349.
Detail

SCHWARZEROVÁ, J.; ZEMAN, M.; BABÁK, V.; JUREČKOVÁ, K.; NYKRÝNOVÁ, M.; VARGA, M.; WECKWERTH, W.; DOLEJSKÁ, M.; PROVAZNÍK, V.; RYCHLÍK, I.; ČEJKOVÁ, D. Detecting horizontal gene transfer among microbiota: an innovative pipeline for identifying co-shared genes within the mobilome through advanced comparative analysis. Microbiology spectrum, 2023, vol. 12, no. 1, ISSN: 2165-0497.
Detail

SCHWARZEROVÁ, J.; LABANAVA, A.; RYCHLÍK, I.; VARGA, M.; ČEJKOVÁ, D. A minireview on the bioinformatics analysis of mobile gene elements in microbiome research. Frontiers in Bacteriology, 2023, vol. 2, no. 1, ISSN: 2813-6144.
Detail

NEJEZCHLEBOVÁ, J.; SCHWARZEROVÁ, J.; ČEJKOVÁ, D. An insight into horizontal gene transfer in Bacteroidetes spp. using in-silico analysisof operon structures. Proceedings I of the 29th Conference STUDENT EEICT 2023 General papers. 1. Brno: Brno University of Technology, Faculty of Electrical Engineering and Communication, 2023. p. 210-213. ISBN: 978-80-214-6153-6.
Detail

ČEJKOVÁ, D.; STREĎANSKÁ, K.; JUREČKOVÁ, K.; NYKRÝNOVÁ, M.; SCHWARZEROVÁ, J.; DOLEJSKÁ, M. Horizontal gene transfer network in chicken gut microbiome. 14th Host Pathogen Interaction Forum 2022. Hradec Kralove: 2022. ISBN: 978-80-906723-2-1.
Detail

SCHWARZEROVÁ, J.; ZEMAN, M.; WECKWERTH, W.; PROVAZNÍK, I.; RYCHLÍK, I.; ČEJKOVÁ, D. Comprehensive analysis of mobile genetic elements in chicken gut microbiome using a novel in-silico approach. 14th Host Pathogen Interaction Forum 2022. Hradec Kralove: 2022. ISBN: 978-80-906723-2-1.
Detail

SCHWARZEROVÁ, J.; ZEMAN, M.; RYCHLÍK, I.; WECKWERTH, W.; PROVAZNÍK, I.; DOLEJSKÁ, M.; ČEJKOVÁ, D. Systems biology approach for analysis of mobile genetic elements in chicken gut microbiome. In 2022 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). IEEE Computer Society, 2022. p. 2865-2870. ISBN: 978-1-4577-1799-4.
Detail

SCHWARZEROVÁ, J.; ČEJKOVÁ, D. Identification of horizontal genes transfer elements across strains inhabiting the same niche using pan-genome analysis. In Proceedings I of the 28th Conference STUDENT EEICT 2022 General Papers. Brno: Brno University of Technology, Faculty of Electrical Engineering and Communication, 2022. p. 416-420. ISBN: 978-80-214-6029-4.
Detail

Odpovědnost: Čejková Darina, Mgr. Bc., Ph.D.