Předmět si klade za cíl poskytnout studentům pokročilé vědomosti a dovednosti v oboru Chemická informatika, nezbytné pro další studium chemických disciplín. Úvodní část kurzu seznamuje posluchače se stěžejními pojmy a základy tohoto oboru. Předmět je dále zaměřen na pokročilou uživatelskou práci s výpočetní technikou, přípravu a zpracování odborných dokumentů (protokoly, referáty, semestrální a bakalářské práce), zejména je kladen důraz na metody zpracování a vyhodnocení experimentálních dat a základy statistiky, dále pak na tvorbu chemických grafických dokumentů a vyhledávání, třídění a porozumění odborným chemickým informacím, stejně jako tvorbu jednodušších literárních rešerší. Studenti se dále seznámí se základy počítačové grafiky, s teorií informací, vědeckými citačními vztahy a indexy, i s principy ochrany duševního vlastnictví. Ve všech oblastech je kladen zvláštní důraz na praktické použití těchto znalostí v chemické praxi (např. vyhledávání bezpečnostních informací o chemikáliích či vyhledávání patentů). Náplní předmětu není seznámení se konkrétními softwarovými produkty jako je MS Office nebo ACDLabs ChemSketch, ale získání praktických znalostí využitelných bez ohledu na použitý software a operační systém. Společně s předmětem Chemická informatika I je předmět koncipován v intencích požadavků certifikátu ECDL (European Computer Driving License).