Elektronický laboratorní deník Kadi4Mat

Kadi4Mat je inovativní nástroji pro správu elektronických laboratorních deníků, vyvíjen na univerzitě v Karlsruhe. Tento systém je navržen tak, aby usnadnil ukládání a správu vašich výzkumných dat, čímž zajišťuje efektivnější a organizovanější práci v laboratoři.

Systém vám umožní bezpečně ukládat data a sdílet je s kolegy. Správou dat v Kadi4Mat aplikujete některé z FAIR principů důležitých pro dlouhodobé uchovávání dat a jejich znovuvyužití.

Prostřednictvím webového prohlížeče mohou uživatelé snadno vyhledávat, označovat a propojovat datové sady, čímž se data stávají vyhledatelnými a přístupnými.

Vstup do systému

Kadi ekosystém

Na správu dat v nástroji Kadi4Mat je navázán celý ekosystém služeb a dalších nástrojů, které poskytují ucelenou infrastruktur pro práci s výzkumnými daty, zaměřenou především na automatizaci některých procesů.

Jedná se například o KadiStudio, které se zaměřuje na automatizaci výzkumného procesu. Umožňuje uživatelům digitálně plánovat a provádět výzkumné pracovní postupy, přičemž integruje uživatelské vstupy, simulace a ovládání přístrojů. Tato automatizace podporuje reprodukovatelnost a efektivitu a usnadňuje správu a opakované použití dat v rámci více projektů.

Kadi APY a Kadi API

Tato programová rozhraní podporují automatizované interakce mezi pracovními postupy a úložištěm a usnadňují integraci s externími nástroji a systémy. Tím je možné zajistit automatizaci mnoha kroků například přenos dat z přístroje přímo do sytému a jejich základní metadatový popis. API dokumentace zde: https://kadi-apy.readthedocs.io/en/stable/

Dále je možné využít KadiAI (umělá inteligence a strojové učení využívané k rozšíření možností analýzy dat) nebo KadiFS (k přímemů připojení počítače nebo jiného zařízení s ekosystémem Kadi).

Více na https://kadi.iam.kit.edu/#ecosystem

Přihlášení

Do systému se přihlásíte pomocí služby Shibboleth a svého VUT loginu a hesla a začněte využívat všechny výhody, které Kadi4Mat nabízí. Pokud potřebujete ke svým datům umožnit přístup kolegům mimo VUT, je nutné požádat technickou podporu.

Práce se systémem

Základní video návody najdete zde: https://www.postlithiumstorage.org/en/data-management/tutorials

Další návody a předpřipravené šablony budou postupem času zpřístupněny zde nebo přímo v systému Kadi4Mat.

Uložiště dat

Pro uložení dat instalace Kadi4Mat na VUT využívá datové objektové úložiště S3 od CESNET. Služba S3 běží na infrastruktuře CESNETu, všechna data leží v ČR na úložištích CESNETu. Celkový objem uložiště je 150 TB, v tuto chvíli je nastaveno omezení 200GB na jednoho uživatele. Pro zvýšení objemu prostoru je třeba požádat technickou podporu.

Budou probíhat periodické kontroly uložených dat a uživatelé budou vyzíváni ke kontrole aktuality uložených dat popřípadě jejich redukci.

Z důvodu technického omezení uložiště S3 je omezeno nahrávání velikosti jednotlivých souborů. Toto omezení ale bude brzy vyřešeno. Jeden soubor nyní ale nemůže být větší než 5GB. Systém není vhodné místo pro ukládání velkých souborů. Pro tyto soubor je vhodné používat specifické technologie (např. Nextcloud, Object Store, …) a data pak propojit s ELN záznamem pomocí linku.

Bezpečnost

Datová úložiště jsou certifikována podle normy pro systém managementu bezpečnosti informací ČSN EN ISO/IEC 27001:2014. CESNET zaručuje provoz uložiště v „best effort“ režimu. Více informací zde: https://du.cesnet.cz/cs/provozni_pravidla/start

U citlivých dat je doporučeno šifrováni na straně klienta. Je tedy třeba data zašifrovat než je uložíte do Kadi4Mat. https://du.cesnet.cz/cs/navody/stehovani_du4_to_object/start

Uživatelská a technická podpora

Své otázky a připomínky k systému Kadi4Mat prosím zasílejte na adresu openscience@vut.cz.

Dobrá praxe pro zavedení ELN v laboratoři

1. Laboratoř/projekt určí zodpovědnou osobu za projekt/laboratoř (určuje oprávnění uživatelů, zajišťuje dostupnost dat po odchodu zaměstnance/studenta z projektu/laboratoře, odebrání přístupu, zajišťuje kontrolu obsahu databáze, vytváří a spravuje šablony, mapuje napojení a automatizaci s konkrétními přístroji aj.).
2. Laboratoř/projekt zajistí robustní, standardizované a aktuální šablony pro daný typ experimentu, popřípadě automatizaci pro práci s konkrétním přístrojem.
3. Laboratoř/projekt nastaví své vlastní pracovní postupy a workflow, pojmenování projektů, experimentů souborů.
4. Laboratoř/projekt zabezpečí školení pro všechny nové uživatele, specificky nastaveno pro danou laboratoř/projekt.